另外派出一部分培訓好的軍醫，在永寧、重慶設立軍醫學院，救治戰場上受傷的軍士和在當地推行牛痘接種，預防天花。”

看到崇禎下了決心，事情已經變成了定案，黃立極也有些無可奈何，他不得不為朱燮元爭取最后的權力，“那么朱燮元提出的作戰方略，**謀部是不是也發文給西南都督府，讓其遵照執行？”

孫承宗還沒有說話，朱由檢已經攔在了他前面對著黃立極說道：“朱總督提出的作戰方略很好，但是總督原本就有領導西南都督府的職權，朕覺得沒必要再通過**謀部去督促執行，除非西南都督府不愿意接受朱總督的命令，這個時候**謀部才有介入的必要。

朕不希望內閣或是**謀部干涉，朱總督或是西南都督府正常行使自己的職權，同樣朕也不希望朱總督越過西南都督府去指揮下面的軍事機構，這對雙方都沒有什么好處。

當然有一點，**謀部和內閣還是可以通知他們的，朝廷希望他們之間建立一個快捷穩定的通訊渠道，不要各行其事，從而讓叛軍找到了破綻。

此外，西南都督府原本無權指揮云南軍隊，但是此次平亂戰爭既然調動了云南軍隊，那么凡是參戰的云南軍隊就必須服從于西南都督府的領導。”

雖然沒有得到預期的要求，但黃立極還是得到了符合底線以上的結果，再次明確了總督領導西南都督府的政治序列，也就勉強接受崇禎的決定離去了。

待黃立極離去之后，朱由檢叫住了孫承宗說道：“**謀部這次派人下去改組西南都督府，朕會特別調撥50萬元作為改組的經費。

另外再從軍器監調撥12斤以下的輕便火炮若干，火藥若干，增強西南都督府新建步兵旅的軍事力量。還有，調撥一部分**工匠，在重慶設立火藥工坊研制火藥，以作為西南都督府日常消耗之用。”

孫承宗對著崇禎點了點頭說道：“臣也正打算向陛下申請一些經費，既然陛下已經考慮到了，那么西南之事必然不足為患了。

不過臣還有一事想要向陛下進諫，就算是擊敗了奢安兩家土司，也并不代表西南就會平安無事了。自奢崇明、安邦彥叛亂以來，西南各省都有土司響應，臣以為這不是偶然之事。

而是我大明過去在西南地方的治理上出現了問題，所以這些土人與我漢人矛盾日積月累之下，都在近時爆發了出來。

正如陛下所，播州土司叛亂之后有奢安之亂，奢安之亂之后又該輪到那家土司叛亂了呢？以朱燮元提出的作戰方略，臣以為奢安叛軍的時日已經無多了。

但是接下去，朝廷應當如何治理這些投降的叛亂土司，以為后來者戒，方才是重中之重。否則西南叛亂此起彼伏，就算朝廷每次都能**下去，恐怕也要耗盡國力了。”

朱由檢沉默了下去，他知道孫承宗為什么說這番話。說到底，這位儒家出身的士大夫還是不贊同，他以同樣鐵血的手段對叛亂土司進行報復。孫承宗還是擔心，過度的殺戮會引起西南各家土司的恐慌，從而使得明軍在西南地區失去某些原本心向朝廷的土司的支持。

這些土司在當地數百上千年的統治中，早就結成了一張非常龐大的姻親關系網絡。你一刀砍下去，都不知道會砍到誰的父親、母親、侄子外甥、叔伯兄弟身上。

更何況漢人居住在平原地區，這些少數民族大多居住在山林之中，也許他們打不過明軍的正規部隊，但是卻能夠不斷的騷擾漢人的定居點，一旦漢人在當地待不下去了，明軍也就失去了可靠的兵源和物資來源。

如果是王朝的強盛時期，憑借著中原王朝源源不絕的物資生產能力，同這些少數民族僵持上數十年，也能生生把他們耗死。但是對于現在的大明來說，恐怕先倒下的反而是大明王朝自己。

朱由檢想了許久，終于下了一個一直猶豫不決的決定，他抬頭對著孫承宗說道：“朕以為，就趁著這個機會，對于貴州、四川、云南三地實施全面的義務兵役制，凡是每個年滿18歲的健康男性青年都必須進入軍隊服役5年。

此外，以上三地要建立村、鄉、縣三級民兵組織，這些民兵組織同樣要接受都督府的管制，每位民兵一年要接受15天的脫產訓練，接受簡單的軍事教育。并準許他們持有火槍作為平日的狩獵工具，但是火藥和子彈要自備…