對于朝廷來說，比較重要的是活佛索南加措死后的承襲問題，格魯派一向是采取轉世靈童的制度，如索南加措就是上一代活佛根敦嘉措的轉世靈童，嘉靖二十五年，哲蚌寺正式迎請了他的轉世靈童，此即出生于堆龍德慶地方一貴族家的三世達賴喇嘛索南嘉措。

現在索南加措去世，按照之前朱載j所頒布的詔書，新活佛的產生是要經過大明朝廷的承認才行的，同時新活佛還可以繼承索南加措的朵兒只唱稱號，活佛關系到朝廷對于蒙古、青藏的控制，干系甚大，所以太子是不好決定的，這種事情，必須要朱載j親自拍板才行。

三邊總制鄭洛詳細上疏說明了此事，按照藏傳佛教的說法，佛有法身、報身和應身三身，活佛就是佛在人世間的化身，又叫做應身。他們認為，佛之所以以活佛這種化身在人世間活動，為的就是更好的傳播佛法，教化世人，用佛法來化解人世間的痛苦與災難，用這種無差別的辦法來幫助世人棄惡從善，并最終達到佛教的終極目標即超脫于輪回之苦。

所以這副皮囊只是一個軀殼罷了，上一代活佛去世之后，會轉世成為新一代的活佛，即所謂的轉世靈童，之前活佛的繼承都是采取的尋找轉世靈童的方式，選出下一任的活佛，其實在坐的都是玩政治的老手，當然明白所謂的轉世靈童是個什么東西，雖然說子不語怪力亂神，但是要大明的這些重臣們相信這些活佛真有這么大的本事能轉世，他們可沒有這么好糊弄。

張四維當即就指出，所謂的轉世靈童，根本就是子虛烏有的事情，鄭洛考察了各活佛轉世靈童的來源，一般都是活佛轄區的大土司家中，這就奇了怪了，這活佛投胎是給閻王拿了錢還是怎么的？就能夠穩穩的投胎到這些大土司家中，這種花活大家都看得很清楚，只不過是宗教權力和世俗權力的更易罷了，當地的土司和活佛本就是一體兩面的東西，活佛是宗教領袖，而土司則是世俗權力，通過所謂轉世靈童的把戲，牢牢地將宗教權力也控制在這些土司們手中。

這點不管是朱載j還是太子朱翊n和在坐的重臣們都是很清楚的，所以為什么之前朱載j在冊封索南加措的時候特地在詔書中強調朵兒只唱和活佛都必須大明朝廷承認方能履行活佛職能，就是為了今天，現在索南加措去世，他們肯定是要選擇所謂的轉世靈童，同時請求朝廷將之前的種種稱號和權力賜予新活佛，但是朝廷現在就有主動權了。

朱載j要求內閣和禮部、理藩院等相關的衙門落實有關朵兒只唱和活佛繼承的這個問題，朱載j認為，朝廷要在活佛的繼承上要更加積極的參與進來，不能夠放任他們在朝廷面前肆意的玩弄的政治手腕。

朱載j直接批復三邊總制鄭洛，認為現行的所謂轉世靈童制度并不可靠，事實上方逢時、王崇古等熟悉情況的重臣們之前就曾經上疏討論過此事，認為所謂的轉世靈童根本就是這些土司們糊弄朝廷的手段的，在之前的活佛圓寂后，尋找轉世靈童的重任往往落入那些自稱享有宗教權威的專門為轉世繼承服務的靈媒手中，那些靈媒被稱為吹忠。