告別星海博士時，小智攥著那枚能與寶可夢心靈溝通的道具，指尖因興奮微微發燙——他總覺得這東西藏著讓皮卡丘更懂自己的秘密。艾莉絲正蹲在地上跟牙牙比劃新學的龍系招式，天桐則在背包里翻找著適合旅途的調味劑，三人的腳步朝著合眾地區東部的海岸延伸。
而星海博士站在原地，沙奈朵浮在她身側，指尖輕觸遺跡石壁上殘留的能量紋路。“剛才那股黑暗力量的波動……和三年前卡洛斯地區檢測到的異常很像。”她對著手腕上的探測器低語，屏幕上紅色暴鯉龍與裂空座的能量圖譜正微微閃爍，“看來得讓噴火龍先去海岸邊的觀測站待命，小智他們要去的港口，恐怕不只是換乘船只那么簡單。”
抵達霧隱港口時，海霧像紗簾裹住整座碼頭。小智正對著地圖撓頭——說好接應他們去下一個城鎮的船夫，連船影都沒見著。“會不會是霧太大，他沒找到碼頭？”艾莉絲戳了戳趴在肩頭打盹的牙牙，牙牙突然抬起頭，對著港口深處發出“咿呀”的叫聲。
順著牙牙的視線望去，一只灰撲撲的輕飄飄正卡在倉庫的欄桿間，翅膀撲騰著卻飛不出來。小智剛要跑過去幫忙，倉庫后突然沖出個戴漁夫帽的少年，急得直跺腳：“別碰它！那是我用來導航的伙伴，霧太大才撞偏了！”
少年叫阿拓，正是他們要等的船夫的兒子。他撓著后腦勺解釋，最近港口總起怪霧，連經驗最老的船夫都迷過路，“我爸說霧里有奇怪的影子，讓我先帶輕飄飄來探路，結果它……”話沒說完，倉庫頂突然傳來“哐當”一聲，海霧中閃過一道藍白色的影子，輕飄飄猛地縮起翅膀，渾身發抖。
“是寶可夢的氣息！”天桐突然按住腰間的精靈球，“而且不止一只。”話音剛落，三只瑪瑙水母從霧里鉆出來，觸須上帶著電光，直沖向輕飄飄。小智立刻把皮卡丘往前一推：“皮卡丘，用十萬伏特！”電流劈向瑪瑙水母，卻被它們用霧中的水汽擋了下來——霧里的水分竟然能導電？
“不是普通的霧。”星海博士的聲音突然從身后傳來，她不知何時帶著耿鬼出現在倉庫旁，耿鬼正用影子球驅散周圍的霧，“霧里混著電氣系寶可夢的能量，瑪瑙水母是被這股能量刺激得失控了。”她指向倉庫頂，“看到那只電飛鼠了嗎？它的尾巴在霧里放電，水汽成了導電介質，才讓瑪瑙水母變得暴躁。”
果然，倉庫頂上蹲著只電飛鼠，尾巴尖正冒著微弱的藍光，眼神慌亂得像迷路的孩子。阿拓突然一拍大腿：“這是上周從研究所跑丟的電飛鼠！它天生能釋放微弱電流，霧大的時候找不到回家的路，才一直在這里亂放電！”
小智眼睛一亮：“那只要讓它冷靜下來就行！皮卡丘，用溫柔的電磁波！”皮卡丘歪著頭，尾巴輕輕晃了晃，一道柔和的黃色電流飄向電飛鼠。電飛鼠愣了愣，尾巴上的藍光漸漸變弱，瑪瑙水母也跟著安靜下來，慢慢沉入霧中。
等阿拓把輕飄飄救下，又用特制的導電項圈穩住電飛鼠，海霧竟真的開始散了。“星海博士，你怎么會來？”小智好奇地問。星海博士收起探測器，耿鬼鉆回精靈球：“來給你們送這個。”她遞過一個巴掌大的儀器，“這是霧中能量檢測儀，你們要去的下一個城鎮，霧可能比這里更濃。”
離開港口時，阿拓的船剛駛出三海里，小智就看見遠處海面上浮著個白色的塔狀建筑——正是星海博士說的觀測站。“那是研究海洋寶可夢遷徙的地方，”星海博士的聲音從儀器里傳來，“噴火龍在那里等我，你們順路送我過去吧，我要取一份關于紅色暴鯉龍的監測數據。”
客船剛靠近觀測站，塔頂就亮起了紅色警報。觀測站的研究員慌慌張張地跑出來，指著海面大喊：“博士！您快看！淺灘那邊……有寶可夢在打架！”
順著他指的方向，海面上翻著白色的浪花，一道紅色的影子在水里猛地躍起——是紅色暴鯉龍！它的鱗片閃著光，正用破壞死光撞向一只巨大的吼鯨王。吼鯨王發出沉悶的叫聲，用噴水反擊，浪花濺得小船搖搖晃晃。
“紅暴怎么會突然攻擊吼鯨王？”小智急得站起來，卻被星海博士按住肩膀：“不是攻擊。”她指著紅暴的鰭，“它的鰭上有個傷口，在流血——是被什么東西纏住了。”果然，紅暴的尾鰭上纏著一圈黑色的藤蔓，藤蔓上還沾著黏糊糊的液體，“是毒藻！最近淺灘的毒藻突然瘋長，纏上寶可夢后會刺激它們失控。”
小智立刻讓皮卡丘對著紅暴的尾鰭用鐵尾，想把毒藻敲掉，可毒藻滑溜溜的，一敲就往旁邊滑。“得先讓紅暴冷靜下來！”星海博士放出沙奈朵，“沙奈朵，用治愈波動！”淡綠色的光波落在紅暴身上，紅暴的動作明顯慢了些，卻還是對著吼鯨王齜牙——毒藻的刺激還沒消失。
天桐突然拍手：“有辦法了！阿拓，你船上有新鮮的海草嗎？”阿拓點頭，從船艙里抱出一捆帶著露水的海草。天桐把海草遞到小智手里：“紅暴喜歡吃這種海草，用它引開注意力！”小智舉著海草靠近船邊，紅暴果然轉過頭，眼神里的兇光弱了些。
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趁這時候，沙奈朵用念力輕輕托起紅暴的尾鰭，耿鬼從影子里鉆出來，用暗影爪小心翼翼地割毒藻。“咔嚓”一聲，毒藻斷了，紅暴猛地擺了擺尾巴，一頭扎進水里，幾秒后又浮上來，嘴里叼著一塊亮晶晶的石頭，丟到星海博士腳邊——是塊帶著能量波動的水之石。
“它在謝你呢。”小智笑著說。星海博士撿起水之石，探測器突然“嘀嘀”響起來：“毒藻的源頭不在淺灘，在深海溝……看來要讓裂空座去查了。”
為了找毒藻的源頭，小智他們跟著星海博士的探測器來到深海溝邊緣。這里的海水是墨藍色的，往下望不見底，連陽光都穿不透。“探測器顯示，毒藻是從溝底的裂縫里冒出來的。”星海博士放出紅色暴鯉龍，“紅暴，你能帶我下去嗎？”紅暴點點頭，用頭蹭了蹭她的手背。
小智本來想跟著下去，卻被星海博士攔住：“溝底水壓太大，你的寶可夢可能受不了。”她指了指岸邊的巖石，“你們幫我盯著上面，要是有異常，就讓沙奈朵用超能力通知我。”說完，她騎上紅暴，紅暴擺了擺尾鰭，沉入水中。
可剛過十分鐘，海面突然翻起巨浪，一只巨牙鯊從水里沖出來，對著岸邊狂吼。小智立刻讓炒炒豬用火焰襲擊，火焰燒到巨牙鯊的背，它卻像沒感覺似的，反而更兇地撞向巖石。“不對，它的眼睛是紅的！”艾莉絲突然喊道——巨牙鯊的瞳孔里布滿血絲，和剛才的紅暴一樣，是被毒藻刺激了。
緊接著，七八只利牙魚跟著沖上岸，天桐放出花椰猴：“用種子機關槍！”綠色的種子射向利牙魚，卻被它們用牙齒咬碎。小智正急得團團轉，海面突然炸開一道水柱，紅暴馱著星海博士沖了上來，星海博士的胳膊上劃了道傷口，臉色發白：“溝底有只……蓋歐卡！”
“蓋歐卡？！”三人同時喊出聲。星海博士抹了把臉上的水：“不是本體，是被毒藻能量影響的幻影，它守著裂縫，不讓任何東西靠近。紅暴剛想靠近，就被它用水炮打回來了。”她指著紅暴尾鰭上新添的傷口，“而且裂縫里的毒藻在往外冒，再這樣下去，整片海域都會被污染。”
“那我去幫紅暴！”小智把皮卡丘抱起來，卻被星海博士按住：“你去了只會添亂。”她從背包里拿出個金屬盒子，里面裝著幾塊透明的晶體，“這是上次在遺跡里收集的凈化石，能吸收負面能量。但要把它放進裂縫，得先引開蓋歐卡的幻影。”
她看向耿鬼：“耿鬼，用影子分身，繞到蓋歐卡幻影后面制造噪音。紅暴，你從正面用水炮吸引它的注意力。”耿鬼“嘿嘿”笑了兩聲，瞬間分出十幾個分身，鉆進海里。紅暴則猛地躍出水面，水炮直沖向溝底。蓋歐卡的幻影果然被吸引，轉身對著紅暴咆哮。
“就是現在！”星海博士把凈化石拋向小智，“小智，讓皮卡丘用鐵尾把石頭送進裂縫！”皮卡丘接住凈化石，借著紅暴躍起的氣流，像箭一樣沖向溝底。蓋歐卡的幻影發現不對，想轉身攻擊，卻被耿鬼的分身用影子球纏住。
“皮卡丘，加油！”小智大喊。皮卡丘尾巴一甩，鐵尾帶著凈化石“嗖”地扎進裂縫。瞬間，裂縫里冒出的毒藻開始變黑、枯萎，蓋歐卡的幻影晃了晃，漸漸消散在海水中。巨牙鯊和利牙魚的眼睛也恢復了正常，搖搖晃晃地游回海里。
紅暴浮在水面上，用頭蹭了蹭星海博士的手，像是在說“沒事了”。小智蹲在岸邊，看著皮卡丘撲進自己懷里，忍不住笑：“剛才好險啊，不過皮卡丘超厲害！”星海博士擦了擦傷口，眼里閃著光：“不只是皮卡丘厲害——你的反應速度，比我上次見你時快多了。”
解決了深海溝的麻煩，小智一行人跟著星海博士來到附近的“合眾訓練家營地”——這里是很多準備參加聯盟的訓練家集訓的地方。剛進營地，就聽見一陣歡呼聲，訓練場-->>中央，一個留著金色短發的男人正笑著拍手：“不錯嘛，你的風速狗學會火焰旋渦了。”
“那是……四天王的大葉先生？！”天桐突然瞪大了眼睛，“他是合眾地區的火屬性四天王！”
大葉也注意到了他們，目光落在小智身上時，眼睛一亮：“哦？這不是之前在火山鎮和炎武王對戰的小鬼嗎？”他走過來，拍了拍小智的肩膀，“聽說你最近在海岸邊解決了不少麻煩，要不要跟我打一場？”
小智眼睛瞬間亮了：“真的可以嗎？”
“不過有個條件。”大葉指了指站在旁邊的星海博士，“星海博士得當裁判，而且——你只能用火屬性寶可夢。”他笑著補充，“我聽說你有只炒炒豬，正好讓我看看它的進步。”
星海博士挑了挑眉，走到場地邊：“規則很簡單，一對一，直到一方寶可夢失去戰斗能力為止。”她看向小智，“大葉先生的火屬性寶可夢可是頂尖的，你要小心。”
戰斗開始，大葉派出的是烈焰猴，渾身的火焰像披風一樣飄著。小智深吸一口氣：“炒炒豬，就決定是你了！”炒炒豬從精靈球里跳出來，拍了拍肚子上的火焰，對著烈焰猴吼了一聲。