雷霆清洗過后，北京城暫歸平靜。市井間的喧囂漸漸復蘇，官場上的權力齒輪卻在暗處悄然嚙合、調整。對朱由檢而，這段時日沒有硝煙，卻滿是務實的忙碌；他正以一種規律而堅定的節奏，為大明的革新鋪設根基。
東方剛泛魚肚白，乾清宮前的空地上便已響起整齊的呼喝。朱由檢身著玄色短打勁裝，腰間束著寬布帶，正在方正化的指導下晨練。扎馬時膝蓋繃直如鐵，沖拳時手臂穩如磐石，踢腿時腰胯發力連貫；動作雖不及武將嫻熟，卻透著一股不容懈怠的認真，額角很快沁出細密的汗珠，順著臉頰滑落。
“陛下，腰要沉，氣沉丹田，力從地起，貫于指尖方能剛勁。”方正化在一旁細心糾正，眼中滿是贊賞。他起初以為帝王晨練不過是做做樣子，卻沒想到朱由檢日日堅持，哪怕前一日熬夜批閱奏疏，也從未間斷。
朱由檢抹了把汗，唇角帶著幾分自嘲，眼底卻藏著清醒：“方卿，朕不求能馳騁沙場、取上將首級，只求體魄強健。這亂世之中，若連自保之力都無，何談護國安民？”他深知歷史上崇禎帝的結局，更明白一副強健的身體，是支撐他熬過無數艱難時日的基礎。
晨練結束，朱由檢常常輕車簡從，直奔西苑騰驤四衛的駐地。他不擺鑾駕，只帶三四名護衛，如同尋常軍官般踏入校場。士兵們見皇帝親臨，無不精神振奮，吶喊聲震徹云霄，操練起來愈發賣力。朱由檢有時會下場，與士兵們一同進行負重奔跑、隊列操練，累得氣喘吁吁，卻從不叫苦。
一次，他見一名年輕士兵跑步時一瘸一拐，便上前詢問。得知士兵是訓練時扭傷了腳踝，卻不愿請假拖后腿，朱由檢當即讓隨行太醫診治，還特意吩咐營中：“訓練是為了殺敵，不是為了自殘！日后將士受傷，必須及時醫治，痊愈后方可歸隊，違者軍法處置！”這番話讓士兵們心頭一暖，皇帝的威望，就在這一次次貼近中日益深厚。
由于朱由檢經常來騰驤四衛，每次來都會跟曹變蛟，吳三桂，祖澤潤幾人聊天。又是年輕人，經常在一起吹牛打屁，使得幾人和朱由檢的關系越來越好。
偶爾，他也會前往凈軍軍營。這里的士兵多是改過自新的宦官，訓練強度雖不及騰驤四衛，卻更重紀律與忠誠。朱由檢反復叮囑統領高時明和監軍李鳳翔：“凈軍的職責是內衛，核心是忠誠。你們要教他們警戒巡查之術，更要明辨是非之心，日后若遇宮內異動，需得臨危不亂，護得宮禁安寧。”
他看著校場上的士兵；昔日多是精神萎靡、眼神躲閃之輩，如今卻隊列整齊，目光堅定，連步伐都透著沉穩。心中頗感欣慰：這兩支親軍，正沿著他設定的軌道，慢慢成為護持大明的堅實臂膀。
處理完上午的政務；無非是審閱駱養性的審訊簡報、曹化淳的內廷整頓奏報，若下午得閑，朱由檢便會輕車簡從，奔赴西山。
昔日荒僻的西山山谷，如今已換了模樣。谷口設著堅固的木寨，騰驤四衛的士兵荷槍實彈駐守，戒備森嚴。谷內，一座座嶄新的館舍、工坊拔地而起，青磚黛瓦間，工匠們正忙著收尾，叮叮當當的敲擊聲不絕于耳，一派熱火朝天的景象。
徐光啟總是第一個迎出來，他常常灰頭土臉，衣袍上沾著泥點和油污，手指關節處還有未愈合的細小傷口，眼中卻閃爍著興奮的光芒。“陛下，您來得正好！”他引著朱由檢參觀，語氣難掩激動，“這邊是農學館，紅薯、土豆的種源已穩定，工匠們正培育秧苗，預計下月便可試種；那邊是格物坊，已召集了三十余名巧匠，正按陛下的吩咐，摸索提高爐溫的法子，若能成功，冶煉鋼鐵便有望提質！”
朱由檢走到農學館內，看著溫室里綠油油的紅薯秧苗，眼中滿是期待。他并非全能科學家，無法給出精確圖紙，卻能指明方向：“徐先生，爐溫提升是關鍵，可嘗試用石灰石助熔，再改進鼓風裝置。”他指著格物坊外的水力磨坊，“那水力能否用于鼓風？若能成功，便可省卻人力，效率也能提升。”
有工匠忍不住問道：“陛下，這般摸索耗時耗力，若到頭來一無所獲，豈不可惜？”
朱由檢坦然回道：“格物之學，本就是在試錯中前行。朕要的不是一蹴而就的奇技淫巧，而是能切實提升國力、改善民生的實學。今日的失敗，便是明日的基礎。”他看向徐光啟，語氣鄭重，“基礎要打牢，數學、測量之學，須讓所有參與之人都掌握。只有根基扎實，日后才能造出更利國利民的器物。”
徐光啟躬身應諾，心中愈發敬佩——這位年輕的皇帝，不僅有遠見，更有耐心，這正是格物興邦最需要的品質。
無論是在宮中理政，還是外出視察，朱由檢身邊總有幾名輪值的秘書班成員。他們不僅要記錄帝王行、整理文書，更在朱由檢的親授下，學習一門全新的學問——復式記賬法。
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乾清宮偏殿成了臨時“-->>課堂”，朱由檢讓人制作了簡易的木板和沙盤，用木棍劃出“借方”與“貸方”。“諸位看好，”他一邊劃一邊講解，“每一筆錢財、物資的流動，必須同時在兩個相關科目中登記，有借必有貸，借貸必相等。比如內庫支出五十兩銀子修繕宮殿，借方記‘宮殿修繕’五十兩，貸方記‘內庫銀’五十兩，賬目來龍去脈一目了然，想要做手腳都難！”
秘書們多是二十出頭的年輕人，頭腦靈活，起初覺得晦澀難懂，但在朱由檢結合實例反復講解后，漸漸摸到了門道。一名叫小祿子的宦官問道：“陛下，這法子若用在皇莊，能否查清往年的虧空？”