陳萬年去世。六月辛酉日，長信少府貢禹被任命為御史大夫。貢禹前前后后給皇帝上書數十次，談論治國得失，皇帝欣賞他的質樸正直，很多建議都被采納。
匈奴的郅支單于覺得自己離漢朝路途遙遠，又怨恨漢朝幫助呼韓邪單于卻不幫自己，就刁難羞辱漢朝使者江乃始等人；之后，他派使者到漢朝進獻貢品，順便要求接回在漢朝做人質的兒子。漢朝商議后，打算派衛司馬谷吉護送郅支單于的兒子回去。御史大夫貢禹、博士東海人匡衡認為：“郅支單于歸化之心還不堅定，而且他所在的地方非常遙遠，應該讓使者把他兒子送到邊境就回來。”谷吉上書說：“漢朝和匈奴之間一直保持著友好往來的關系，如今我們已經撫養他兒子十年，對他們的恩德很深厚。如果突然中斷，只送到邊境就返回，這等于向他們表示我們拋棄了他們，會讓他們不再向往歸附漢朝，既拋棄了以前的恩情，又結下了新的怨恨，這樣做不合適。那些反對的人，是看到之前江乃始面對敵人毫無辦法，智謀和勇氣都用盡了，最后還受了屈辱，所以提前為我擔憂。但我有幸持著強大漢朝的符節，秉承圣明皇帝的詔令，去宣揚漢朝的深厚恩德，對方應該不敢胡來。就算他真有禽獸心腸，對我施以暴行，那郅支單于就會犯下大罪，肯定會遠遠逃走，不敢靠近邊境。犧牲我一個使者，能換來邊境百姓的安寧，這是國家的大計，也是我的心愿。我希望能把他兒子送到單于王庭。”皇帝同意了。谷吉等人到達后，郅支單于非常生氣，竟然殺了谷吉等人。他自知得罪了漢朝，又聽說呼韓邪單于越來越強大，害怕被襲擊，就想往更遠的地方遷徙。
正好康居王多次被烏孫國困擾，他和各位翕侯商量說：“匈奴是大國，烏孫向來臣服于它。現在郅支單于在外面處境艱難，可以把他接到東邊，讓他和我們合兵攻打烏孫，立他為王，這樣我們就再也不用擔心烏孫的威脅了。”于是派使者到堅昆，和郅支單于溝通。郅支單于本來就害怕，又怨恨烏孫，聽了康居王的計劃后非常高興，就和康居王結盟，帶兵向西進發。在途中，很多人因為受不了寒冷死去，最后只剩下三千人到達康居。康居王把女兒嫁給郅支單于，郅支單于也把女兒嫁給康居王，康居王對郅支單于十分尊敬，想借助他的威風來威脅周邊各國。此后，郅支單于多次借兵攻打烏孫，深入到谷城，殺害掠奪百姓，驅趕牲畜后離開。烏孫國不敢追擊，導致西邊五千里的土地都變得荒無人煙。
冬天十二月丁末日，貢禹去世。丁已日，長信少府薛廣德被任命為御史大夫。
永光元年（戊寅，公元前43年）
春天正月，皇帝前往甘泉宮，祭祀天神泰畤。祭祀結束后，皇帝想留下來打獵。薛廣德上書說：“我看到關東地區百姓生活極其困苦，四處流離失所。陛下卻每天聽著像秦朝滅亡時那樣的靡靡之音，我實在感到痛心。如今士兵們露天宿營，隨從官員也疲憊不堪，希望陛下趕緊回宮，多想想和百姓同甘共苦，那就是天下人的福氣了！”皇帝當天就返回了。
二月，皇帝下詔：“丞相、御史要舉薦質樸、敦厚、謙遜、品行端正的人，光祿每年要按照這個標準考核郎官和從官。”
三月，皇帝大赦天下。
這一年，下了雨夾雪，還降了霜，桑樹都被凍死了。秋天，皇帝到宗廟舉行酎祭，從便門出來后，想乘坐樓船。薛廣德攔住皇帝的車駕，摘下帽子磕頭說：“陛下應該從橋上走。”皇帝說：“大夫把帽子戴上。”薛廣德說：“陛下要是不聽我的，我就zisha，用我的血弄臟車輪，這樣陛下就沒法進入宗廟祭祀了！”皇帝很不高興。這時，走在前面的光祿大夫張猛進說：“我聽說圣明的君主才有正直的大臣。乘船危險，從橋上走安全，圣明的君主不會冒險。御史大夫說得有道理，陛下應該聽從。”皇帝這才說：“開導人就應該像這樣！”于是從橋上走。
九月，寒霜再次降臨，莊稼被凍死，天下發生大饑荒。丞相于定國、大司馬兼車騎將軍史高、御史大夫薛廣德，都以發生災異為由，請求辭職回家養老。皇帝賞賜給他們安車、四匹馬拉的車、六十斤黃金，批準他們離職。隨后，任命太子太傅韋玄成為御史大夫。薛廣德回鄉后，把皇帝賞賜的安車懸掛起來，當作家族的榮耀展示給子孫看。
皇帝還是太子的時候，曾跟隨太中大夫孔霸學習《尚書》。即位后，皇帝賜給孔霸關內侯的爵位，封號為褒成君，還讓他擔任給事中。皇帝想讓孔霸當丞相，可孔霸為人謙遜退讓，不貪圖權勢，經常說：“我的爵位太高了，我有什么德行能擔當得起呢！”每當御史大夫的職位空缺，皇帝就想任用孔霸，但孔霸多次推辭，表明自己的心意。皇帝深知他的誠懇，就不再勉強。因為這件事，皇帝更加敬重他，賞賜也非常豐厚。
戊子日，侍中、衛尉王接被任命為大司馬、車騎將軍。
石顯忌憚周堪、張猛等人，多次在皇帝面前說他們的壞話。劉更生擔心他們被陷害，就上書說：“我聽說舜任命九位大臣，他們相互謙讓，和諧到了極點。大臣們在朝廷和睦相處，那么天下萬物在民間也會和諧共生，所以演奏九遍《簫韶》，鳳凰就會飛來。到了周幽王、周厲王的時候，朝廷上下不和睦，大臣們互相指責怨恨，于是就出現了日食月食，泉水沸騰，山谷移位，霜降失常的現象。由此可見，和諧之氣能帶來吉祥，乖戾之氣會引發災異，吉祥的事多，國家就安寧；災異多，國家就危險。這是天地運行的常理，也是古往今來的普遍規律。
“如今陛下開創像夏、商、周三代那樣的功業，招攬有學問的人，對他們寬容優待，讓大家共同為朝廷效力。可現在賢能的人和不賢能的人混雜在一起，黑白不分，邪正混雜，忠臣和奸臣同時出現在朝廷；各種奏章都送到公車署，告狀的人擠滿了北軍，朝廷大臣意見不合，相互抵觸，還互相讒毀，顛倒是非；他們迷惑陛下的視聽，擾亂陛下的心意，這樣的事數不勝數。他們還結黨營私，往往拉幫結派，共同陷害正直的大臣。正直的大臣得到重用，是國家大治的表現；正直的大臣被陷害，是國家混亂的開端。在這治亂交替的關鍵時刻，不知道該信任誰，而且災異還頻繁出現，這讓我感到十分寒心。
“從初元元年到現在已經六年了，按照《春秋》的記載，六年里出現的災異從來沒有像現在這么頻繁。究其原因，就是因為讒邪之人都進入了朝廷；而讒邪之人能進入朝廷，是因為陛下疑心太重。陛下任用了賢人，推行了善政，可一旦有人進讒，賢人就會被罷退，善政也無法繼續推行。一個人要是心存疑慮，就會給讒賊之人可乘之機；做事猶豫不決，就等于為奸邪之徒打開了大門；讒邪之人得勢，眾多賢能之士就會退隱；奸邪之徒猖獗，正直之士就會越來越少。所以《易經》中有《否》卦和《泰》卦，小人的勢力增長，君子的勢力消退，國家政治就會日益混亂；君子的勢力增長，小人的勢力消退，國家政治就會日益清明。
“從前鯀、共工、驩兜和舜、禹一同在堯的朝廷中任職，周公和管叔、蔡叔一同在周朝為官，那個時候，他們相互詆毀，流蜚語不斷，這樣的事說都說不完！但帝堯、成王能夠識別舜、禹、周公的賢能，摒棄共工、管叔、蔡叔，所以國家實現大治，榮耀一直延續到現在。孔子和季氏、孟氏一同在魯國做官，李斯和叔孫通一同在秦朝為官，魯定公、秦始皇卻認為季氏、孟氏、李斯賢能，摒棄孔子、叔孫通，所以國家大亂，恥辱一直留存至今。所以說，國家治亂榮辱的關鍵，在于君主信任什么樣的人；信任了賢能之人，就應該堅定不移。《詩經》說：‘我的心不是石頭，不能任人隨便轉移’，說的就是堅守善道要堅定不移。《易經》說：‘發布政令要像汗水一樣，汗一出就收不回去’，意思是政令一旦頒布就不能更改。可現在陛下頒布的好政令，沒過多久就改變了，這就像把流出的汗水又收回去；任用賢人還不到三十天就將其罷退，就像轉動石頭一樣隨意。《論語》說：‘見到不好的行為，就像把手伸進熱水里一樣趕緊避開’。可現在兩府上奏說那些奸佞諂媚的人不應該在朝為官，可他們多年來卻一直沒有被趕走。
“所以說，陛下頒布政令就像收回汗水一樣隨意更改，任用賢人就像轉動石頭一樣輕易改變，罷免奸佞之人卻像移山一樣困難，這樣下去，想要陰陽調和，不是太難了嗎！正因為如此，那些小人看到了可乘之機，就粉飾辭，用花巧語惡意詆毀他人，各種流蜚語在民間到處傳播。所以《詩經》說：‘我憂心忡忡，被一群小人怨恨’，小人成群結隊，實在讓人憤怒。從前孔子和顏淵、子貢相互稱贊，卻不結黨營私；禹、稷和皋陶相互舉薦，卻不拉幫結派，為什么呢？因為他們一心為國，沒有私心。如今奸佞之徒和賢臣一同在朝廷共事，他們結黨營私，違背正義，迎合邪惡，相互勾結，還多次用危險的論，企圖動搖陛下的心意。如果陛下輕率地聽信他們的話，這就是天地先發出的警告，災異頻繁出現的原因。自古以來，圣明的君主沒有不誅殺奸邪就能實現天下大治的，所以舜有流放四兇的懲罰，孔子在兩觀之下誅殺少正卯，這樣之后，圣明的教化才能得以推行。
“如今憑借陛下的圣明智慧，要是能深入思考天地的心意，研究《否》《泰》兩卦的道理，借鑒周朝、唐朝任用賢能的做法，以秦朝、魯國摒棄賢能的教訓為戒，考察吉祥應驗帶來的福分，反省災異禍事產生的原因，來衡量當今的形勢變化，遠離奸佞邪惡的黨羽，拆散陰險不正的團伙，關閉奸邪之徒的門路，打開任用賢能的道路，果斷決策，明辨是非，讓對錯清清楚楚，那么各種災異就會消失，吉祥之事就會接踵而至，這是國家太平的基礎，也是千秋萬代的福祉。”石顯看到這封奏章后，更加與許氏、史氏勾結在一起，怨恨劉更生等人。
這一年夏天異常寒冷，太陽黯淡無光。石顯與許、史外戚趁機誣陷周堪、張猛掌權導致災異。漢元帝內心器重周堪，卻又因眾人不斷讒而搖擺不定。此時長安令楊興因才能受寵，元帝想借他支持周堪，便問：“朝臣對光祿勛周堪議論紛紛，為何會這樣？”
楊興是個投機取巧之人，誤以為元帝懷疑周堪，便順著說：“周堪不僅在朝廷不稱職，在地方上也不行！我聽說眾人都認為他與劉更生等人圖謀詆毀皇室宗親，按罪當誅。之前我上書說不該誅殺他，是為國家保留恩德。”元帝問：“那他有什么罪該殺？現在該如何處理？”楊興建議：“賜他關內侯爵位，食邑三百戶，但不讓他再管事。這樣既不失陛下對師傅的恩情，也是最佳辦法。”元帝聽后對周堪愈發懷疑。
司隸校尉諸葛豐原本以剛直著稱，多次得罪貴戚，遭人彈劾后被貶為城門校尉。他竟上書告發周堪、張猛的“罪狀”，元帝認為他不公正，下詔斥責：“諸葛豐之前在朝時多次稱贊周堪、張猛，如今卻因被貶而報復，用無憑無據之詞詆毀他人，行不一，極不誠信。念其年老，免予刑罰，貶為平民！”又說：“周堪、張猛雖有忠貞之名卻未顯成效，將周堪降為河東太守，張猛降為槐里令。”
司馬光評論：諸葛豐對周堪等人前贊后毀，并非為朝廷除奸，而是結黨營私求晉升，與鄭朋、楊興之流無異，算什么剛直！君主應明辨是非善惡，賞善罰惡。若諸葛豐所屬實，他不該被貶；若屬誣陷，周堪等人何罪？如今雙方都受責罰，善惡是非究竟何在？
賈捐之與楊興交好，因多次指責石顯而不得官。楊興新受寵，賈捐之便說：“京兆尹空缺，若我能見皇上推薦你，你馬上就能當上。”楊興吹捧：“你文采天下無雙，若做尚書令，遠超五鹿充宗。”兩人謀劃：賈捐之代楊興寫推薦石顯的奏章，稱其功績應賜爵關內侯，提拔其兄弟為官；楊興則推薦賈捐之任尚書令。石顯得知后上報元帝，將兩人下獄。石顯彈劾：“二人心懷狡詐，互相吹捧，企圖謀取高位，欺君犯上！”最終賈捐之被處死，楊興受髡鉗刑，罰做苦役。
司馬光評論：君子用正道對抗邪佞尚怕不勝，何況賈捐之以邪攻邪，怎能免禍？
這一年，清河王劉竟改封為中山王。匈奴呼韓邪單于勢力漸強，塞下禽獸被捕獵殆盡，單于足以自衛，不再懼怕郅支單于。其大臣多勸單于北歸王庭，不久后單于北歸，百姓逐漸歸附，匈奴局勢安定。
永光二年（己卯，公元前42年）
二月：大赦天下。
丁酉日：御史大夫韋玄成升任丞相，右扶風鄭弘任御史大夫。
三月壬戌初一：發生日食。
六月：大赦天下。
元帝就地震、日食之變詢問給事中匡衡。匡衡上疏說：“陛下圣德開啟太平之路，近年大赦讓百姓改過自新。但大赦后奸邪未減，今日赦明日犯，根源在于未徹底改變社會風氣。如今世風貪財輕義、追求奢侈，朝廷是天下表率，若上位者爭權奪利，下方便會爭斗成風。治理天下關鍵在引導方向：任用賢者、崇尚禮制，使道德教化從內而外、由近及遠傳播。長安是都城，應先端正風氣，讓各地有所效法。天人感應，陛下應減奢靡、近忠賢、遠奸佞，如此方能實現大治。”元帝認可，升任匡衡為光祿大夫。
荀悅評論：大赦是權宜之計，非常規制度。漢初因戰亂設大赦以革新，后世沿襲不合時宜。如惠帝、文帝時無需大赦；景帝時七國之亂、武帝末年動蕩、光武中興后等特殊時期，才適合大赦。
隴西地區的羌族彡姐部落旁支發動叛亂，漢元帝召丞相韋玄成等大臣商議對策。當時連年糧食歉收，朝廷正為此憂慮，又遇羌人反叛，韋玄成等人態度冷漠，無人能提出有效對策。右將軍馮奉世挺身而出，說：“羌人近在邊境反叛，不及時誅殺，無法威懾遠方蠻夷，臣愿率軍征討！”
元帝詢問需要多少兵力，馮奉世分析：“善戰者不輕易二次發兵，不反復運輸糧草，速戰速決方能彰顯軍威。此前因低估敵人，導致軍隊折損，多次征調不僅耗時費錢，還損國威。如今反叛羌人約三萬人，按兵法應派雙倍兵力即六萬人。但羌人僅持弓箭長矛，武器簡陋，派四萬人一月內可平定。”
然而，丞相、御史及左右將軍均認為：“正值秋收，不宜大規模發兵，派一萬人屯守即可。”馮奉世反駁：“不可！天下饑荒已久，兵馬瘦弱，戰備荒廢，夷狄本就輕視邊吏，羌人已率先發難。若以萬人分守幾處，敵軍見我兵少必不畏懼。交戰則損兵折將，防守則百姓難救，只會暴露怯弱。羌人若趁機聯合其他部落，到時所需兵力恐不止四萬，絕非錢財能解決。少發兵拖延時日，與一舉速決相比，利害相差萬倍！”但他的堅持未被采納，元帝僅批準增兵兩千人。
于是，馮奉世率一萬二千騎兵以“將屯”名義出征，典屬國任立、護軍都尉韓昌為副將。抵達隴西后，軍隊分駐三處。韓昌先派兩名校尉率部與羌人交戰，因羌軍勢大，漢軍大敗，兩名校尉戰死。馮奉世緊急上奏詳細說明地形和敵軍數量，請求增兵三萬六千以徹底平叛。元帝聞訊后，緊急征調六萬余兵力支援。
八月，朝廷任命太常弋陽侯任千秋為奮武將軍，協助馮奉世。冬季十月，增援兵力全部抵達隴西。十一月，漢軍多路并進，大破羌軍，斬首數千級，殘余叛軍逃至塞外。平叛尚未完全結束時，朝廷又招募一萬士兵，任命定襄太守韓安國為建威將軍，不過軍隊尚未開拔，便傳來羌軍已被擊潰的消息，于是召回韓安國所部。最終，元帝下詔罷除大部分參戰官兵，留少量兵力屯田，駐守要害之地。
s