建平二年（公元前5年）
春天正月，天空中出現了彗星，劃過牽牛星區域。
當時，丁氏和傅氏家族的人驕橫奢侈，他們都看不慣傅喜為人恭敬節儉。而且傅太后想給自己加上尊貴的稱號，和漢成帝的母親享有同等尊榮。傅喜和孔光、師丹都堅決反對這件事。漢哀帝既不想違背大臣們的正確意見，又被傅太后施加壓力，一直猶豫不決，拖了好幾年。傅太后非常生氣，漢哀帝沒辦法，只好先免去師丹的官職，想以此讓傅喜改變態度。但傅喜始終不肯妥協。朱博和孔鄉侯傅晏勾結在一起，共同謀劃讓傅太后獲得尊號的事，他們多次私下覲見皇帝，呈上奏章，詆毀傅喜和孔光。丁丑日，漢哀帝下詔書免去傅喜的官職，讓他以侯爵身份回家。
御史大夫這個官職被廢除后，很多人議論說，古今制度不同，漢朝從天子稱號到小官吏名稱，都和古代不一樣，只改三公的官職，職責難以劃分清楚，對治理國家沒什么好處。于是朱博上奏說：“以前的規矩是，選拔郡國里政績優秀的太守、國相升任中二千石的官職，再從中二千石官員里選任御史大夫，在御史大夫任上表現好的就升為丞相，這樣官職高低有序，才能顯示對皇帝的尊崇，重視丞相的地位。現在有的中二千石官員沒做過御史大夫就直接當丞相，權力太輕，不利于國家政務。我覺得大司空這個官職可以取消，重新設置御史大夫，恢復以前的制度。我愿意盡力當好御史大夫，做百官的表率！”漢哀帝同意了。這年夏天四月戊午日，重新任命朱博為御史大夫。又讓丁太后的哥哥陽安侯丁明擔任大司馬、衛將軍，并設置屬官；大司馬的稱號也恢復到以前的樣子。
傅太后還親自下詔給丞相和御史大夫說：“高武侯傅喜討好下屬，欺騙皇帝，和以前的大司空師丹一起背叛朝廷，違抗命令，敗壞宗族，不應該再參加朝會，讓他回封國去吧。”
丞相孔光，在漢哀帝還是太子時，就因討論皇位繼承人的問題，和漢哀帝有了矛盾，后來又多次違背傅太后的意思。因此，在朝為官的傅氏族人就和朱博互相配合，一起詆毀孔光。乙亥日，漢哀帝下詔書免去孔光的官職，讓他成為平民。任命御史大夫朱博為丞相，封他為陽鄉侯；讓少府趙玄擔任御史大夫。在殿堂上舉行任命儀式時，突然響起像鐘鳴一樣的巨大聲音，在殿中值班和站在臺階下的官吏都聽到了。漢哀帝就這件事詢問黃門侍郎、蜀郡人揚雄和李尋。李尋回答說：“這就是《洪范》里說的‘鼓妖’現象。按照過去的解釋，這是說皇帝聽不進正確意見，被人迷惑，讓徒有虛名的人得到晉升，就會出現有聲音沒形體，不知道聲音從哪里來的情況。相關記載說：‘這種現象如果發生在一年、一月、一日的中間時段，執政大臣就會受到影響。’現在是四月，時間在辰時和巳時之間，正好符合‘中’的說法。執政大臣，就是指丞相和御史大夫這樣的官員。應該罷免丞相和御史大夫，來順應上天的警示。就算現在不罷免，不出一年，他們自己也會遭遇災禍。”揚雄也認為：“‘鼓妖’現象，是皇帝聽政失誤的象征。朱博這個人性格強硬，很有心機和謀略，適合做將軍，不適合當丞相，恐怕會招來大禍。”但漢哀帝沒有聽從他們的建議。
朱博當上丞相后，漢哀帝就采納了他的建議，下詔書說：“定陶共皇這個稱號，不應該再用‘定陶’。尊共皇太后為帝太太后，住在永信宮；尊共皇后為帝太后，住在中安宮；在京城為共皇修建陵寢和宗廟，規格比照漢宣帝父親悼皇考的標準。”這樣一來，四位太后各自設置少府、太仆等官職，官員的俸祿都是中二千石。傅太后得到尊號后，更加驕橫，跟太皇太后說話時，甚至叫她“老太婆”。當時丁氏和傅氏在一兩年內迅速得勢，家族里有很多人做了公卿、列侯。不過漢哀帝沒有給他們太大的實際權力，不像漢成帝在位時王氏家族那么有權勢。
丞相朱博和御史大夫趙玄上奏說：“之前高昌侯董宏最先提出給傅太后上尊號的建議，卻被關內侯師丹彈劾，最后被罷官成為平民。當時國家還在為漢成帝服喪，把政務委托給師丹處理，師丹不認真思考尊崇尊號的重要意義，反而亂說一通，貶低尊號，損害孝道，沒有比這更不忠的行為了！陛下仁愛圣明，明確確定了尊號，董宏因為忠孝重新被封為高昌侯；師丹的惡行非常明顯，雖然他受到赦免，但不應該再擁有爵位和封邑，請陛下把他罷免為平民。”漢哀帝批準了這個奏請。他們又上奏說：“新都侯王莽以前擔任大司馬的時候，不懂得尊崇尊號的重要性，貶低尊號，損害孝道，應當公開處死。幸好他受到赦免，但也不應該再擁有爵位和封邑，請陛下把他罷免為平民。”漢哀帝說：“因為王莽和太皇太后有親屬關系，就不罷免他了，讓他回封國去吧。”還有平阿侯王仁因為窩藏趙昭儀的親屬，也都被打發回封國。
很多人覺得王氏家族受了冤枉。諫大夫楊宣給皇帝上密奏說：“孝成皇帝非常重視宗廟傳承，稱贊陛下品德高尚，認為陛下能承接天命，他的決策深遠，對陛下的恩德深厚。想想先帝的心意，難道不是想讓陛下繼承皇位，好好侍奉太皇太后嗎？太皇太后已經七十歲了，多次經歷悲傷的事，還下令王氏親屬退避，給丁氏、傅氏讓路，連路人看到都感動得流淚，陛下難道不應該有所觸動嗎？陛下有時候登高遠望，難道面對漢成帝的延陵，心里不會感到愧疚嗎！”漢哀帝被這番話深深打動，重新封成都侯王商的次子王邑為成都侯。
朱博又上奏說：“漢朝過去的慣例是設置部刺史，他們官職低但獎賞豐厚，所以大家都積極辦事、樂于進取。之前廢除刺史，改設州牧，州牧的俸祿是真二千石，地位僅次于九卿；九卿有空缺，就從政績好的州牧里選拔；但能力一般的州牧就只是勉強守住職責而已。這樣下去，恐怕工作成效越來越差，違法亂紀的事情也管不住。我請求廢除州牧，重新設置刺史，恢復原來的制度。”漢哀帝同意了。六月庚申日，帝太后丁氏去世，漢哀帝下詔讓她歸葬在定陶共皇的陵園，征調陳留、濟陰等附近郡國五萬人，負責挖掘墓穴和填土。
當初漢成帝在位的時候，齊地有個叫甘忠可的人偽造了《天官歷》《包元太平經》十二卷，說漢朝到了重大變革時期，應當重新接受天命，并把這些教給渤海人夏賀良等人。中壘校尉劉向彈劾甘忠可借助鬼神欺騙皇帝、迷惑眾人；甘忠可被關進監獄，認罪后，還沒判決就病死了。但夏賀良等人繼續私下傳播這些內容。漢哀帝即位后，司隸校尉解光、騎都尉李尋向皇帝推薦夏賀良等人，他們都在黃門等待皇帝召見。夏賀良多次被召見，他對漢哀帝說：“漢朝國運中途衰落，應當重新接受天命。漢成帝沒有順應天命，所以才沒有子嗣。現在陛下長期生病，災異現象頻繁出現，這是上天在發出警告。應該趕緊更改年號和帝號，這樣才能延長壽命，生下皇子，災異也會消失。如果得到天命卻不施行，災禍就會不斷，洪水會泛濫，大火會燃起，百姓將遭受災難。”漢哀帝長期生病，希望這樣做能有效果，就聽從了夏賀良等人的建議，下詔大赦天下，把建平二年改為太初元年，自己稱為“陳圣劉太平皇帝”，還把計時的漏刻改為一百二十度。
這年秋天七月，把渭城西北原上永陵亭一帶作為漢哀帝的陵墓所在地，不遷徙郡國的百姓到那里。
漢哀帝更改年號一個多月后，病情還是老樣子。夏賀良等人又想胡亂更改政策，大臣們紛紛反對。夏賀良等人上奏說：“大臣們都不懂天命，應該罷免丞相和御史大夫，讓解光、李尋輔佐朝政。”漢哀帝覺得他們說的話沒有應驗，八月下詔說：“待詔夏賀良等人建議更改年號、帝號，增加漏刻度數，說這樣能讓國家長治久安。我對這些說法不夠堅定，錯誤地聽從了他們的話，希望能給百姓帶來福氣，結果什么好的應驗都沒有。有了過錯卻不改正，那才是真正的過錯！六月甲子日發布的詔書，除了赦令以外，其他內容全部廢除。夏賀良等人違反正道、迷惑眾人，他們的奸詐行為必須徹查到底。”于是把夏賀良等人都關進監獄，處死了。李尋和解光被免去死罪，減罪一等，流放到敦煌郡。
因為一直生病，漢哀帝把以前廢除的所有神靈祠廟共七百多所全部恢復，一年里祭祀的次數達到三萬七千次。
傅太后一直對傅喜懷恨在心，她讓孔鄉侯傅晏暗示丞相朱博，讓他上奏請求免去傅喜的侯爵。朱博和御史大夫趙玄商量這件事，趙玄說：“傅喜的事之前已經有了結論，現在再這么做，恐怕不合適吧？”朱博卻回答：“我已經答應孔鄉侯了。普通人之間相互約定，尚且能為對方拼死效力，何況是為了皇上呢！我朱博唯有以死相報！”趙玄聽了，只好同意。朱博擔心單獨彈劾傅喜太過明顯，剛好之前大司空汜鄉侯何武也因為犯錯被免職遣回封國，情況和傅喜類似，于是就一并上奏說：“傅喜、何武之前在位時，對治理國家沒什么貢獻，現在雖然已經被免職，但他們所受的爵位和封土，并不應該擁有，請求將他們都貶為平民。”
漢哀帝知道傅太后向來怨恨傅喜，懷疑朱博和趙玄是受太后指使，就立刻召趙玄到尚書臺詢問情況，趙玄承認了實情。漢哀帝下詔，讓左將軍彭宣和朝中大臣共同審問。彭宣等人上奏彈劾說：“朱博、趙玄、傅晏的行為都違背道義，對皇上不恭敬，請求將他們召到廷尉的監獄中治罪。”最終，漢哀帝將趙玄的死罪減三等；削去傅晏四分之一的食邑戶數；派謁者拿著符節召丞相朱博到廷尉處，朱博無奈之下zisha，他的封國也被撤銷。
九月，漢哀帝任命光祿勛平當為御史大夫；冬天十月甲寅日，又將平當升任為丞相；因為正值冬季，就暫時先賜給他關內侯的爵位。同時，任命京兆尹平陵人王喜為御史大夫。
漢哀帝想讓丁氏和傅氏家族的人擔任重要的武職。這一年，他下詔書免去左將軍淮陽人彭宣的職務，讓他以關內侯的身份回家，然后任命光祿勛丁望代替彭宣擔任左將軍。
烏孫的卑爰疐侵犯匈奴西部邊境，匈奴單于派兵反擊，殺死卑爰疐數百人，俘虜一千多人，還趕走了大量牲畜。卑爰疐非常害怕，就派兒子趨逯到匈奴當人質，單于接受了。之后，單于把這件事報告給漢朝。漢朝派使者責備單于，要求他送回卑爰疐的兒子。單于只好聽從詔令，把人質送了回去。
建平三年（公元前4年）春天正月，漢哀帝立廣德夷王的弟弟劉廣漢為廣平王。
癸卯日，帝太太后居住的桂宮正殿發生火災。
漢哀帝派使者召見丞相平當，想要封他爵位。但平當病重，沒有應召前往。他的家人勸他說：“難道不能勉強起來接受侯爵之印，為子孫謀點福利嗎？”平當卻回答：“我擔任這么高的職位，已經因為白拿俸祿、沒盡到職責而感到愧疚了。如果現在勉強起來接受侯爵之印，然后回家臥床而死，那就是罪上加罪。我現在不起來接受，才是真正為子孫著想啊！”于是，他上書請求退休，漢哀帝沒有批準。三月己酉日，平當去世。
天空中在河鼓星附近出現了彗星。
夏天四月丁酉日，王嘉被任命為丞相，河南太守王崇被任命為御史大夫。王崇是京兆尹王駿的兒子。王嘉看到當時的政策過于嚴苛急切，各郡國的太守、國相頻繁更換，就上書給漢哀帝說：“我聽說圣明的君主成就功業的關鍵在于選拔人才。孔子說：‘人才難得，難道不是這樣嗎？’所以古代繼承王位的諸侯，要選拔像先賢一樣賢能的人。就算不能完全做到賢能，天子也會為他們挑選臣子、任命卿來輔佐。諸侯在自己的封國里，經過幾代人的積累，受到尊重，這樣士人和百姓才會歸附。這樣一來，教化得以推行，治理的功業也能建立。現在的郡守權力比古代諸侯還大，過去選拔人才時，賢才很難得，所以就提拔那些可用之人，有的甚至是從囚徒中選拔出來的。以前魏尚因事獲罪被囚禁，漢文帝聽了馮唐的話，派使者拿著符節赦免他的罪過，任命他為云中太守，匈奴都很忌憚他。漢武帝把韓安國從囚徒中提拔出來，任命為梁國內史，使得國家內部得以安定。張敞擔任京兆尹時，犯了罪應當免職，狡猾的官吏知道后故意冒犯他，張敞就把這些官吏抓起來殺了。這些官吏的家人喊冤，使者復查案件，彈劾張敞濫殺無辜，漢文帝要逮捕張敞，但沒有真正執行，后來趕上張敞被免罪；張敞逃亡十幾天后，漢宣帝征召他，任命他為冀州刺史，最終發揮了他的才能。以前的皇帝并非偏愛這三個人，而是看重他們的才能對國家有用。漢文帝時期，有些官吏在一個職位上干到子孫長大，甚至以官職為姓氏，像倉氏、庫氏就是倉庫官吏的后代；當時俸祿二千石的高級官吏也都安心做官、樂于盡職，這樣上下之間相互信任，沒有敷衍了事的想法。后來情況漸漸發生變化，公卿以下的官員相互督促得越來越緊，而且政策也多次改變，司隸和部刺史檢舉彈劾的都是些細小的過錯，還喜歡揭露別人的隱私，有些官吏上任幾個月就被調走，官員交接時，路上到處都是人。能力一般的官吏只求勉強保住職位，能力差的官吏內心惶恐、只顧自身安危，一心謀求私利的人越來越多。二千石的官員越來越不受重視，官吏和百姓都輕視他們，有的人抓住他們的小過錯，夸大其詞變成大罪，向刺史、司隸報告，或者上書告發。百姓們知道這些官員地位不穩，稍微有點不如意就有反叛之心。之前山陽的逃犯蘇令等人四處作亂，官吏和士兵面對危難，沒有愿意為忠義而死的，這就是因為太守、國相的威嚴和權力早就被削弱了。孝成皇帝對此感到后悔，下詔書說，二千石的官員不再被隨意判定為故意放縱罪犯，還派使者賜給他們黃金，安撫他們。這確實是因為國家遇到緊急情況時，還要依靠二千石的官員來解決問題；只有二千石的官員受到尊重、地位穩固，才能指揮得動下屬。孝宣皇帝愛惜那些善于治理百姓的官吏，有時有奏章彈劾他們，就把奏章留在宮中，等到大赦時一并解除罪名。按照慣例，尚書很少把奏章下發，因為怕給百姓帶來麻煩，一旦查證、逮捕、審訊，有的人甚至會死在獄中，所以奏章上必須有‘敢告之’這樣的字才會下發。希望陛下在選拔賢才上多用心，記住他們的優點，忘掉他們的過錯，寬容對待臣子，不要對他們求全責備。俸祿二千石的官員、部刺史、三輔地區的縣令中，有才能、能勝任職務的人，難免會有一些過失，應該寬容對待，讓那些愿意盡心盡力的人得到鼓勵。這是當前最緊要的事情，對國家有利。之前蘇令造反時，朝廷想派大夫去追查情況，當時卻發現沒有合適的大夫可以派遣，只好召見眜厔縣令尹逢，任命他為諫大夫派去處理。現在朝中真正有才能的大夫太少了，應該提前培養那些有潛力的人，這樣士人在國家遇到危難時才會不惜犧牲生命去報效。等到事情發生了才匆忙尋找人才，這可不是朝廷應有的做法。”王嘉還趁機推薦了儒者公孫光、滿昌以及有能力的官吏蕭咸、薛修等人，這些人以前都是俸祿二千石且有好名聲的官員，漢哀帝采納了他的建議并任用了這些人。
六月，漢哀帝立魯頃王的兒子部鄉侯劉閔為魯王。
因為漢哀帝的病情一直沒好，冬天十一月壬子日，他讓太皇太后下詔書，恢復甘泉泰畤、汾陰后土的祭祀，停止在長安南郊和北郊的祭祀活動。漢哀帝自己也沒辦法親自到甘泉和河東祭祀，就派有關官員去辦理祭祀事宜。