燒當羌的迷唐率領八千部眾侵犯隴西，脅迫塞內各個羌人部落，集結了三萬步兵和騎兵，打敗了隴西的漢軍，還殺了大夏縣長。皇帝下詔，派代理征西將軍劉尚、越騎校尉趙世為副將，帶領漢軍、羌人、胡人共三萬人前去討伐。劉尚駐扎在狄道，趙世駐扎在枹罕，劉尚派司馬寇盱監督各郡軍隊，從四面會合。迷唐害怕了，帶著老弱病殘逃到臨洮南。劉尚等人追到高山，大破迷唐軍隊，斬殺俘虜一千多人，但漢軍死傷也不少，無法繼續追擊，只能撤回。
九月庚申日，司徒劉方被皇帝下詔書免職，他隨后zisha。甲子日，皇帝追尊梁貴人為皇太后，謚號恭懷，并按喪制為她服喪。冬天十月乙酉日，將梁太后和她的姐姐大貴人改葬在西陵。樊調被提升為羽林左監。皇帝追封并謚號皇太后的父親梁竦為褒親愍侯，派使者迎回他的靈柩，安葬在恭懷皇后陵墓旁，還把梁竦的妻子兒女接回京城。梁竦的兒子梁棠被封為樂平侯，梁棠的弟弟梁雍被封為乘氏侯，梁雍的弟弟梁翟被封為單父侯，他們都被授予特進的職位，得到的賞賜數以萬計，一時之間無比榮耀，梁氏家族從此興盛起來。
清河王劉慶這才敢請求去祭掃生母宋貴人的墳墓，皇帝答應了他的請求，還下詔讓太官一年四季提供祭祀用品。劉慶流著淚說：“我活著的時候沒能侍奉母親，如今死后能奉祭她，心愿已足！”他本想修建祠堂，但又擔心會有和恭懷梁太后攀比的嫌疑，所以不敢說出口，常常對著身邊的人哭泣，把這件事當作終身遺憾。后來他上書說外祖母王氏年事已高，希望能到洛陽治病。皇帝于是下詔讓宋氏一家都回到京城，還任命劉慶的舅舅宋衍、宋俊、宋蓋、宋暹等人做了郎官。
十一月癸卯日，光祿勛、河南人呂蓋被任命為司徒。
十二月丙寅日，司空張奮被罷免。壬申日，太仆韓棱被任命為司空。
西域都護定遠侯班超，派屬官甘英出使大秦（羅馬帝國）和條支。甘英一路向西，走到西海（今波斯灣），這些地方都是前人從未到過的。他詳細了解了當地的風土人情，還帶回了各種珍奇物品的傳說。當甘英走到安息西部邊界，臨近大海準備渡海時，船夫告訴他：“這片海域太遼闊了，順風的時候，往來需要三個月才能渡過；要是遇到逆風，有的人甚至要兩年。所以出海的人，都要帶上三年的糧食。而且在海上容易讓人思鄉，很多人因此死去。”甘英聽后，只好停止前行。
永元十年（公元98年）
夏天五月，京城遭遇大水災。秋天七月己巳日，司空韓棱去世。八月丙子日，太常、泰山人巢堪被任命為司空。冬天十月，五個州都下了大雨，引發水災。
代理征西將軍劉尚、越騎校尉趙世，因為作戰畏縮怯懦被召回，關進監獄后被免職。謁者王信接管劉尚的軍隊，駐扎在枹罕；謁者耿譚接管趙世的軍隊，駐扎在白石。耿譚設置獎賞，吸引了不少羌人部落前來歸附。迷唐害怕了，就請求投降，王信和耿譚于是接受投降，撤回軍隊。十二月，迷唐等人率領部眾到京城進貢。
戊寅日，梁節王劉暢去世。當初，居巢侯劉般去世后，他的兒子劉愷本應繼承爵位，但劉愷聲稱這是父親的遺愿，要把爵位讓給弟弟劉憲，然后離家逃走，躲了很長時間。有關部門上奏，請求取消劉愷的封國。漢肅宗贊賞他的仁義之舉，特別寬容對待，可劉愷還是不肯出來。十多年后，有關部門再次上奏此事，侍中賈逵上書說：“孔子說‘能以禮讓治國，還有什么困難呢’。有關部門不體諒劉愷樂于行善的心意，卻用常規法律來約束他，這樣恐怕不利于弘揚謙讓的風氣，形成包容的教化。”皇帝采納了賈逵的建議，下詔說：“國家法律鼓勵善行，成全美好的品德，準許劉憲繼承爵位。但這是特殊情況，以后不能以此為例。”隨后征召劉愷，任命他為郎官。
永元十一年（公元99年）
南單于師子去世后，單于長的兒子檀繼位，稱為萬氏尸逐鞮單于。
這年夏天四月丙寅日，皇帝大赦天下，很多犯人因此得到了改過自新的機會。
在一次朝會時，皇帝把眾多儒者召集起來，讓中大夫魯丕與侍中賈逵、尚書令黃香等人，就一些學術問題展開辯論。魯丕的觀點和論述很受皇帝認可，朝會結束后，皇帝還特意賞賜了他衣帽。魯丕趁機上書說：“我聽說講解經典，是傳承先師的論，不是自己隨意發揮，所以在學術討論時不能相互謙讓。一旦謙讓，道理就講不清楚了，就像規矩和權衡不能歪曲一樣。辯論時，提出質疑的人一定要講清依據，回答問題的人要確立自己的觀點，那些華而不實的空話就不要說了。這樣一來，大家不用費太多精力思考，真理卻能更加彰顯。如果學術觀點不同，就讓大家各自闡述師門學說，廣泛探討其中的道理，不要讓普通人因為發表見解而獲罪，以免遺漏那些來自民間的真知灼見。”
永元十二年（公元100年）
夏天四月戊辰日，秭歸發生山體崩塌，巨大的山石滾落，給當地帶來不小的災害。
秋天七月辛亥初一，出現了日食現象。
九月戊午日，太尉張酺被免職。丙寅日，朝廷任命大司農張禹為太尉。
燒當羌的首領迷唐之前入朝歸降，此時他剩下的部眾不到兩千人，又餓又困，難以維持生計，便進入金城居住。皇帝下令讓迷唐帶領部眾回到大、小榆谷，但迷唐覺得漢朝在那里修建了河橋，軍隊能隨時過來，原來的地方不能再住了，還借口說部眾饑餓，不肯遠離。護羌校尉吳祉等人給了迷唐很多金銀布帛，讓他買糧食、牲畜，催促他出塞。可這樣一來，羌人反而更加猜疑、驚恐。這一年，迷唐再次反叛，脅迫湟中的各個胡人部落，搶劫一番后逃離，王信、耿譚、吳祉都因此被召回治罪。
永元十三年（公元101年）
秋天八月己亥日，北宮的盛饌門閣發生火災，熊熊大火吞噬了建筑，造成不小損失。
迷唐又回到賜支河曲，還帶兵逼近邊塞。護羌校尉周鮪與金城太守侯霸，聯合各郡軍隊以及屬國的羌人、胡人，總共三萬人出兵塞外，抵達允川。侯霸率軍打敗了迷唐，他的部眾四處逃散，有六千多人投降，這些人被分別安置到漢陽、安定、隴西。從此迷唐勢力衰弱，他遠遠地越過賜支河源頭，去投靠發羌居住。過了很久，迷唐病死，他的兒子前來歸降，此時他們的部落實力大減，只剩下不滿十戶人家。
荊州地區雨水泛濫，給百姓生活和農業生產帶來諸多困難。
冬天十一月丙辰日，皇帝下詔說：“幽州、并州、涼州人口本來就少，邊境的徭役又繁重，品行端正的好官吏晉升之路十分狹窄。安撫外族，關鍵在于人才，現在規定邊境各郡，人口十萬以上的，每年推舉一名孝廉；不滿十萬的，兩年推舉一人；五萬以下的，三年推舉一人。”
鮮卑侵犯右北平，接著又進入漁陽，不過被漁陽太守打敗了。
戊辰日，司徒呂蓋因為年老多病，辭去官職回家養老。
巫蠻許圣因為不滿郡里稅收不均，心中怨恨，于是發動叛亂。辛卯日，他們開始攻打南郡，當地局勢變得緊張起來。
永元十四年（公元102年）
春天，安定郡歸降的燒何種羌人反叛，但很快被郡里的軍隊消滅。當時，西海以及大、小榆谷一帶沒有了羌人的侵擾，隃麋相曹鳳上書說：“自從建武年間以來，西羌人作亂，常常是燒當種帶頭。之所以這樣，是因為他們居住的大、小榆谷土地肥沃，還有西海的漁業、鹽業之利，又有大河作為天然屏障。而且，他們靠近塞內的其他羌人部落，很容易煽動作亂，卻難以被攻打，所以能發展壯大，在各個羌人部落中稱雄，憑借勢力和勇猛，招攬引誘其他羌人、胡人一起鬧事。現在燒當種衰落困頓，同伙和外援都沒了，四處逃亡，遠遠地投靠發羌。我認為應該趁著這個時機，重新設立西海郡縣，鞏固大、小榆谷地區，廣泛開展屯田。這樣既能阻斷羌人、胡人相互勾結的通道，又能杜絕他們作亂的念頭。還能生產糧食充實邊疆，減少物資運輸的勞役，國家就不用擔心西方邊境的問題了。”皇帝采納了他的建議，修繕原來的西海郡，把金城西部都尉調過去駐守，任命曹鳳為金城西部都尉，駐扎在龍耆。后來又擴大屯田規模，在黃河兩岸排列屯田點，一共有三十四個。這項事業眼看著就要成功了，不巧永初年間羌人再次反叛，屯田的事只好作罷。
三月戊辰日，皇帝到辟雍舉行宴飲和射箭禮儀，并大赦天下。
夏天四月，朝廷派使者率領一萬多荊州士兵，分幾路去討伐巫蠻許圣等人，把叛軍打得大敗。許圣等人請求投降，朝廷把他們全部遷徙到江夏安置。
陰皇后生性十分善妒，隨著時間推移，皇帝對她的寵愛漸漸減少，她心里充滿怨恨。陰皇后的外祖母鄧朱經常出入皇宮，有人告發說陰皇后和鄧朱一起搞巫蠱邪術。皇帝派中常侍張慎和尚書陳褒徹查此事，結果認定她們犯了大逆不道之罪。鄧朱的兩個兒子鄧奉、鄧毅，還有陰皇后的弟弟陰輔，都在獄中被拷打致死。六月辛卯日，陰皇后被廢，遷居到桐宮，最終因憂愁過度去世。她的父親、特進陰綱zisha，弟弟陰軼、陰敞以及鄧朱的家屬都被流放到日南郡的比景。
秋天七月壬子日，常山殤王劉側去世，由于他沒有兒子，朝廷立他哥哥防子侯劉章為常山王。
有三個州發生了大水災，洪水淹沒農田、房屋，百姓生活陷入困境。
班超長期在遙遠的西域邊疆任職，年紀大了十分思念故鄉，他上書朝廷請求回去，說：“我不敢奢望能回到酒泉郡，只希望活著進入玉門關。我特意派兒子班勇跟隨安息國的進貢隊伍進入塞內，趁我還活著，讓班勇能親眼看看中原故土。”然而，朝廷很久都沒有答復。班超的妹妹班昭（曹大家）上書說：“蠻夷生性叛逆，喜歡欺辱老人。如今班超年事已高，隨時可能離世，卻一直沒人接替他。這樣下去，恐怕會引發奸邪之人的作亂之心。可是朝中官員都只顧眼前，沒人愿意深謀遠慮。一旦發生突發情況，班超力不從心，對上會損害國家多年來經營西域的功績，對下會浪費忠臣盡心盡力的付出，實在令人痛心！所以班超不遠萬里表達歸鄉的誠意，訴說自己的急切心情，伸長脖子盼了三年，至今仍未得到朝廷的回應。我聽說古時候，男子十五歲參軍，六十歲退伍，也需要休息，不再承擔重任。所以我冒死為班超求情，希望能讓他在有生之年回到故鄉，再次見到朝廷，這樣國家就不用為遠方的事務擔憂，西域也不會突然出現危機，班超也能蒙受如周文王埋葬枯骨、子方憐憫老者那樣的恩德。”皇帝被她的話打動，于是召回班超。八月，班超回到洛陽，被任命為射聲校尉；九月，班超去世。班超被召回后，戊己校尉任尚接替他擔任西域都護。任尚對班超說：“您在西域三十多年，如今我有幸接替您，責任重大但我思慮淺薄，您一定要給我些建議！”班超說：“我年紀大了，腦子也不好使了。您多次擔任重要職位，哪里是我能比得上的！如果非要我說，那我就提點愚見：塞外的官吏士兵，本來就不是什么安分守己的人，很多都是因為犯了罪才被流放到邊疆屯墾；而那些蠻夷如同鳥獸一般，很難好好管理，還容易引發事端。您性格嚴厲急躁，水太清就養不了大魚，治理過于嚴苛就難以讓下屬和睦相處。您應該處事豁達、簡化政務，寬恕小的過錯，只把握好大事就行了。”班超走后，任尚私下對親近的人說：“我還以為班超會有什么奇謀妙計，結果說的都是些平常話。”后來，任尚果然沒能處理好邊疆事務，和班超當初說的一樣。
早年，太傅鄧禹曾對人說：“我曾率領百萬大軍，從未隨意殺害一人，后世一定會有興盛的子孫。”他的兒子、護羌校尉鄧訓，有個女兒叫鄧綏，生性孝順友善，喜歡讀書，白天操持家務，晚上誦讀經典，家里人都稱她為“諸生”。她的叔父鄧陔說：“我聽說救活千人的人，子孫會得到封賞。兄長鄧訓擔任謁者時，負責修治石臼河，每年救活幾千人，上天有眼，我們家一定會蒙受福澤。”后來鄧綏被選入宮中做貴人，她恭敬嚴肅、舉止謹慎，一舉一動都合乎規矩。侍奉陰皇后時十分恭敬，對待其他妃嬪也很友善，總是克制自己、屈尊待人，就連宮女和仆役，她也都給予恩惠照顧，深受皇帝贊賞。鄧綏曾經生病，皇帝特意允許她的母親、兄弟入宮照顧她，不限天數。但鄧綏推辭說：“皇宮禁地至關重要，讓外戚長時間留在宮中，對上會讓陛下被人指責有偏愛，對下會讓我遭受不知滿足的非議，對陛下和我都不好，我實在不愿這樣。”皇帝說：“別人都以多次入宮為榮耀，你怎么反而擔憂呢？”每次宮中舉行宴會，其他妃嬪都爭相打扮得花枝招展，只有鄧綏喜歡樸素淡雅的裝扮。要是她的衣服和陰皇后顏色相同，會立刻換掉。如果和陰皇后同時進見皇帝，她不敢正坐或與陰皇后并立，走路時總是彎著身子表示謙卑。皇帝每次提問，她也總是等陰皇后先回答，自己才慢慢作答，不敢搶話。陰皇后身材矮小，有時候舉止失當，周圍的人都捂著嘴偷笑，只有鄧綏一臉難過，還替陰皇后遮掩，就好像是自己犯錯一樣。皇帝知道鄧綏處處用心、委曲求全，感嘆道：“修養品德竟然如此辛苦！”后來陰皇后失寵，鄧綏每次被皇帝召見，都借口生病推辭。當時皇帝的幾個皇子都不幸夭折，鄧綏擔心皇嗣不多，還多次挑選才女進獻給皇帝。陰皇后見鄧綏的德行和聲譽越來越好，對她恨之入骨。有一次皇帝病重，情況十分危急，陰皇后私下說：“等我得勢，一定不會讓鄧氏家族有活著的人！”鄧綏聽說后，流著淚說：“我盡心盡力侍奉皇后，可還是不被她保佑。如今我不如隨皇帝而去，對上可以報答皇帝的恩情，中間能解除家族的災禍，對下也不會讓陰氏落下像呂后對待戚夫人那樣‘人彘’的惡名。”說完就要喝毒藥自盡，宮女趙玉強行攔住她，還騙她說：“剛剛有使者來，說皇上的病已經好了。”鄧綏這才作罷。第二天，皇帝果然痊愈。等到陰皇后被廢，鄧綏還曾求情，但沒能成功。皇帝想立鄧綏為皇后，她卻越發稱病不起，把自己關起來，堅決推辭。冬天十月辛卯日，皇帝下詔立鄧綏為皇后，鄧綏再三辭讓，最后實在沒辦法才即位。她即位后，下令禁止各郡國進貢珍寶，每年只需進獻一些紙墨就行了。皇帝每次想給鄧氏家族封官賜爵，鄧綏都苦苦哀求、堅決推辭，所以她的哥哥鄧騭在皇帝在位期間，官職最高也不過是虎賁中郎將。
丁酉日，司空巢堪被罷官。
十一月癸卯日，朝廷任命來自沛國的大司農徐防為司空。徐防向皇帝上書說：“漢朝設立了十四個博士研究方向，還設置甲乙等級考試科目，鼓勵大家學習。但我發現，太學在考試博士弟子時，考生們答題全憑自己的想法隨意發揮，不遵循師門傳授的學說，還互相包庇，這就開了不好的風氣。每次考試后，總會引發爭論，大家各執一詞，互相指責。孔子說‘闡述而不創作’，又說‘我還能看到史書存疑的地方’。現在這些考生不依照經典的注釋講解，胡亂穿鑿附會，把遵循老師教導當作不合道義，把隨意發揮當作有道理，輕視學術，這漸漸成了一種不良風氣，實在不符合朝廷選拔人才的本意。改正浮薄的風氣，崇尚忠誠，這是夏、商、周三代都遵循的道理；專心致志鉆研根本，這是儒學最看重的。我建議，博士和甲乙等級的策試，應該依據各家師門的注釋講解出題，設置五十個問題進行考試，解釋內容多的為上等，能引經據典的是優秀答案。要是不依照先師學說，觀點相互矛盾，都要判定為錯誤。”皇帝采納了他的建議。
這一年，大長秋鄭眾首次被封為嘞綰睿鹿俜夂畹那榭鼉痛順魷幀Ⅻbr>永元十五年癸卯年（公元103年）
夏天四月甲子日是這個月的最后一天，出現了日食現象。當時皇帝遵循漢肅宗時期的做法，讓兄弟們都留在京城。有關官員認為日食意味著陰氣過盛，上奏請求打發各位王爺回自己的封國。皇帝下詔說：“這次甲子日出現日食異象，責任在我一人。諸王從小就離開父母照顧，我在他們成年前撫養他們，他們常有《蓼莪》《凱風》詩中那種思念父母的哀傷。讓他們留在京城，我知道不合乎國家典章制度，但還是再留他們一段時間吧。”
秋天九月壬年日，皇帝到南方巡視，清河王、濟北王、河間王都跟著一起。同時，有四個州遭遇了雨水災害，農田和房屋受到影響。
冬天十月戊申日，皇帝到達章陵；戊午日，又前往云夢。當時太尉張禹留守京城，聽說皇帝要去江陵，覺得皇帝不該冒險遠行，就通過驛站快馬給皇帝上書勸諫。皇帝回復說：“我祭祀祖先結束后，本打算再到南方祭祀長江；收到你的奏章，我就在漢水之畔改變行程返回了。”十一月甲申日，皇帝回到宮中。
以前，嶺南地區每年都要進貢新鮮的龍眼和荔枝。為了保證水果新鮮，每隔十里設置一個驛站，五里設一個崗亭，日夜不停地傳送。臨武縣長汝南人唐羌上書說：“我聽說，在上位的君主不能把追求美味當作德行，下面的人也不該把進貢美食當作功勞。我看到交趾七郡進貢新鮮龍眼等水果，一路上驛馬像受驚的鳥一樣飛奔。南方地區天氣炎熱，路上惡蟲猛獸不斷，送貢的人常常面臨死亡危險。死去的人不能復活，但活著的人還可以挽救。這些水果就算進了皇宮，也不見得能讓人延年益壽。”皇帝看了奏章后下詔說：“遠方的珍貴美食，本來是用來供奉宗廟的，但如果為此傷害百姓，就違背了愛護百姓的本意。下令讓太官不要再接受這類進貢！”
這一年，朝廷開始下令讓各郡國在夏至這天清查處理輕罪案件，給犯人一些改過機會。
永元十六年甲辰年（公元104年）
秋天七月，發生了旱災，土地干涸，莊稼生長受到嚴重影響。
辛酉日，司徒魯恭被免職。庚午日，朝廷任命光祿勛張酺為司徒，但八月己酉日，張酺就去世了。
冬天十月辛卯日，司空徐防改任司徒，大鴻臚陳寵被任命為司空。十一月己丑日，皇帝出行到緱氏縣，還登上了百崿山。
這時候，北匈奴派使者來到漢朝，表示愿意稱臣進貢，希望能和親，恢復以前呼韓邪單于時期的友好約定。皇帝覺得北匈奴使者帶來的禮物和禮儀不符合舊例，沒有答應他們的請求，只是給了豐厚賞賜，沒有派使者回訪。
元興元年乙巳年（公元105年）
春天，高句驪王宮帶兵進入遼東邊塞，搶劫掠奪了六個縣。夏天四月庚午日，皇帝大赦天下，還更改了年號。
秋天九月，遼東太守耿夔出擊高句驪，打敗了他們。冬天十二月辛未日，皇帝在章德前殿駕崩。之前，皇帝的皇子先后夭折了十幾個，后來出生的皇子都偷偷養在民間，朝中大臣都不知道這件事。皇帝去世后，鄧皇后才把皇子們從民間接回來。大兒子劉勝身體有頑疾，小兒子劉隆剛出生一百多天，鄧皇后把劉隆迎回立為皇太子。當天夜里，劉隆就登基做了皇帝，尊鄧皇后為皇太后，由皇太后臨朝聽政。
當時皇帝剛去世，很多規章制度還沒來得及完善。有一天，宮中一箱大珍珠不見了。鄧太后心想，如果嚴刑拷問追查，肯定會有無辜的人受冤，于是她親自召見宮人，仔細觀察每個人的神色，偷珍珠的人很快就主動認罪了。還有，和帝生前的寵臣吉成被車夫等人誣陷用巫蠱害人，案件交到掖庭審訊，各種供詞和證據看起來都很確鑿。但鄧太后認為吉成一直在先帝身邊，先帝對他有恩，他平時也沒說過什么不好的話，突然做出這種事，不符合常理。于是鄧太后親自提審吉成，重新核查，最后發現果然是車夫等人陷害他。大家都感嘆佩服太后的圣明。
北匈奴再次派使者到敦煌進貢，解釋說因為國家貧窮，沒辦法準備足夠的禮物，希望漢朝能派大使去，他們會送王子到漢朝做人質。鄧太后也沒有派使者回訪，只是多加賞賜就打發他們回去了。
雒陽縣令廣漢人王渙，為人正直，善于明察秋毫，能發現隱藏的奸邪之事。他治理地方，對外推行嚴厲的政策打擊不法行為，對內心懷仁慈關愛百姓。凡是他審理判決的案件，大家沒有不心服口服的，京城的人都覺得他像神人一樣厲害。這一年，王渙在任上去世，百姓不管是在集市還是在路上，聽說后沒有不嘆息流淚的。王渙的靈柩向西運回老家，路過弘農時，百姓們都在路邊擺上祭品。官吏詢問原因，百姓們都說：“以前我們運米到雒陽，總會被官兵搶劫，常常損失一半。自從王大人上任，我們再也沒被欺負冤枉過，所以來這里報恩。”雒陽的百姓還為王渙立了祠堂，創作詩歌紀念他，每次祭祀時，都會奏樂歌唱，獻上祭品。鄧太后下詔說：“忠誠賢良的官吏，是國家得以治理的依靠。朝廷苦苦尋覓這樣的人才，卻很難得到。現在任命王渙的兒子王石為郎中，以此鼓勵那些勤勉做事的官吏。”
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