中書監張華建議：“皇太后未得罪先帝，如今偏袒親族，雖有失為母之道，可參照漢代廢趙太后為孝成后的先例，貶去皇太后尊號，仍稱武皇后，居別宮，以全始終之恩。”左仆射荀愷與太子少師下邳王司馬晃等認為：“皇太后謀危社稷，不可再配先帝，應貶去尊號，廢至金墉城。”于是百官奏請依司馬晃等人建議，廢太后為庶人，皇帝準奏。百官又奏：“楊駿作亂，家屬本應連坐，陛下原宥其妻龐氏性命，以安太后之心。如今太后廢為庶人，請將龐氏交付廷尉行刑。”皇帝起初不許，百官固請，最終同意。龐氏臨刑時，太后抱住母親號哭，剪斷頭發以額觸地，上表給賈后自稱妾，請求保全母命，賈后看都不看。
董養在太學游學時，登堂感嘆：“朝廷建這太學是為何？每次看赦書，謀反大逆都能赦免，唯有殺祖父母、父母不赦，因王法不容。可如今公卿議事，竟粉飾禮典到如此地步！天理已滅，大亂將至啊！”有關部門要收捕楊駿屬官全部誅殺，侍中傅祗進：“從前魯芝做曹爽司馬，斬關救主，宣帝仍用他為青州刺史。楊駿的僚佐，不可盡皆加罪。”皇帝下詔赦免。
三月壬寅日，朝廷征召汝南王司馬亮為太宰，與太保衛瓘共同錄尚書事輔政；任命秦王司馬柬為大將軍，東平王司馬楙為撫軍大將軍，楚王司馬瑋為衛將軍兼北軍中候，下邳王司馬晃為尚書令，東安公司馬繇為尚書左仆射并進爵為王。司馬楙是司馬望之子。又封董猛為武安侯，他三個哥哥都為亭侯。
司馬亮想取悅眾人，論誅楊駿之功，受封侯爵的督將竟達1081人。御史中丞傅咸寫信勸他：“如今封賞之盛震動天地，亙古未有。無功之人獲厚賞，只會讓人盼著國家出事，這是禍根無窮啊！這一切都源于東安公。大家以為殿下您來后會糾正，若以正道糾正，眾人又怎會怨恨？眾人怨的是不公，如今封賞更甚，沒人不失望。”司馬亮獨攬權勢，傅咸又諫：“楊駿有震主之威，委任親戚，才遭天下非議。如今您處權重之位，應反其道而行，靜默養神，遇大是大非才出面維持，小事都壓制下去。我最近路過您府門，冠蓋車馬塞滿街道，這種喧鬧風氣該止息了。還有夏侯長容無功卻突然擢升少府，大家說他是您姻親才得此位，流傳四方，對您不利啊。”司馬亮全不聽從。
賈后族兄車騎司馬賈模、從舅右衛將軍郭彰、外甥賈謐，與楚王司馬瑋、東安王司馬繇共同參與國政。賈后暴戾日甚，司馬繇密謀廢后，賈氏忌憚他。司馬繇兄長東武公司馬澹向來厭惡他，多次對太宰司馬亮說：“司馬繇專行誅賞，想擅朝政。”六月庚戌日，皇帝下詔免司馬繇官，又因他有悖逆論，廢黜流放帶方郡。
從此賈謐、郭彰權勢更盛，賓客盈門。賈謐雖驕奢卻好學，喜歡延攬士大夫。郭彰、石崇、陸機、陸云、和郁，以及滎陽潘岳、清河崔基、渤海歐陽建、蘭陵繆征、京兆杜斌、摯虞、瑯邪諸葛詮、弘農王粹、襄城杜育、南陽鄒捷、齊國左思、沛國劉瑰、周恢、安平牽秀、潁川陳眕、高陽許猛、彭城劉訥、中山劉輿、劉琨等人都依附賈謐，號稱“二十四友”。和郁是和嶠之弟。石崇與潘岳對賈謐最為諂媚，每次等賈謐和他母親廣城君郭槐出門，就下車站在路邊，望著車馬揚起的塵土下拜。
太宰司馬亮、太保衛瓘因楚王司馬瑋剛愎好殺，想奪他兵權，讓臨海侯裴楷代替他任北軍中候。司馬瑋大怒，裴楷聽說后不敢接受任命。司馬亮又與衛瓘商議，遣司馬瑋等諸王回封國，司馬瑋越發怨憤。他的長史公孫宏、舍人岐盛受寵，勸他親附賈后，賈后便留他任太子太傅。岐盛曾與楊駿交好，衛瓘厭惡他反復無常，要逮捕他。岐盛便與公孫宏合謀，讓積弩將軍李肇偽造司馬瑋命令，向賈后誣陷司馬亮、衛瓘，說他們圖謀廢立。賈后本就怨恨衛瓘，又擔心二人執政妨礙自己專權。
六月，賈后讓皇帝親手寫詔賜給司馬瑋：“太宰、太保想行伊尹、霍光廢立之事，你應宣詔命淮南王、長沙王、成都王屯守各宮門，免去司馬亮、衛瓘官職。”夜里派黃門官將詔書交給司馬瑋。司馬瑋想復奏，黃門官說：“事恐泄露，非密詔本意。”司馬瑋也想借此報私怨，便集結本部軍隊，又偽造詔書召集三十六軍，宣稱：“二公潛圖不軌，我今受詔都督中外諸軍，宿衛者嚴加警備，外營士兵速赴我營，助順討逆。”又偽造詔書：“司馬亮、衛瓘屬官一概不問，全部罷遣，若不奉詔，軍法從事。”他派公孫宏、李肇率兵包圍司馬亮府，讓侍中、清河王司馬遐逮捕衛瓘。
司馬亮帳下督李龍稟報：“外面有變，請抵抗！”司馬亮不聽。很快士兵登墻大呼，司馬亮驚問：“我無貳心，為何如此？能看詔書嗎？”公孫宏等不許，催兵進攻。長史劉準說：“這定是奸謀！府中俊杰如林，還可力戰！”司馬亮仍不聽，被李肇擒獲，嘆道：“我這顆赤心，可剖給天下人看！”他與世子司馬矩一同遇害。
衛瓘被抓的時候，身邊的人都懷疑清河王司馬遐拿的詔書是假的，勸他先別認栽，向皇帝上奏核實情況，就算真有罪再死也不遲。但衛瓘沒聽，乖乖束手就擒。原來，衛瓘當司空的時候，曾把犯了錯的帳下督榮晦趕走。這次榮晦跟著司馬遐來抓衛瓘，公報私仇，一口氣殺了衛瓘和他的九個子孫，司馬遐攔都攔不住。
楚王司馬瑋殺了汝南王司馬亮和太保衛瓘后，他的謀士岐盛勸他：“趁著現在手里有兵，干脆一鼓作氣把賈后、郭彰這些人也除掉，這樣就能匡正王室、安定天下了！”可司馬瑋猶猶豫豫，下不了決心。第二天早上，太子少傅張華讓董猛去勸賈后：“楚王把司馬亮和衛瓘都殺了，要是不收拾他，以后天下大權可就全在他手里了，皇上和您還能有安穩日子過？不如給他安個擅zisha人的罪名，把他除掉。”賈后正想除掉司馬瑋，一聽這話，覺得太合心意了。
當時朝廷內外亂成一鍋粥，大臣們都嚇得不行，不知道該怎么辦。張華趕緊讓晉惠帝派殿中將軍王宮舉著代表皇帝旨意、禁止動武的騶虞幡，向眾人喊話：“楚王假傳圣旨，大家別聽他的！”士兵們一聽，扔下兵器就跑了。司馬瑋身邊瞬間沒了人，慌得六神無主，很快就被抓住，送到廷尉那里。乙丑日，司馬瑋被斬首。臨死前，他流著淚掏出懷里的青紙詔書給監刑的尚書劉頌看，喊冤道：“我好歹是先帝的兒子，怎么就這么被冤枉死了！”跟著他作亂的公孫宏、岐盛也被滅了三族。
司馬瑋起兵的時候，隴西王司馬泰本想帶兵支援，他的祭酒丁綏勸道：“您身為宰相，不能輕易行動。而且夜里情況不明，最好先派人去打聽清楚再說。”司馬泰這才打消念頭。
衛瓘的女兒寫信給大臣們抱怨：“我父親冤死，到現在都沒得到公正的謚號，真不明白朝廷為什么裝聾作啞。歷史上那些該被記載的事沒被記載，錯到底出在哪？”太保主簿劉繇等人舉著黃幡，敲著登聞鼓為衛瓘鳴冤：“當初假詔書一來，衛公馬上交了官印，一個人就跟著走了。詔書明明只說免官，可榮晦卻私自把他父子、孫子全殺了。懇請朝廷徹查真相，嚴懲兇手！”最后朝廷下令滅了榮晦全族，恢復司馬亮的爵位，謚號“文成”；追封衛瓘為蘭陵郡公，謚號“成”。
經過這一番折騰，賈后獨攬大權，開始安插自己人。她任命族兄賈模為散騎常侍，加侍中。外甥賈謐和她商量，覺得張華不是皇族，不會威脅皇位，而且有學問、有謀略，在大臣里威望高，想讓他處理朝政，但又有點猶豫，就去問裴顀的意見，裴顀表示贊同。于是，張華被任命為侍中、中書監，裴顀為侍中，裴楷為中書令并加侍中，和右仆射王戎一起掌管朝廷機要。張華一心為朝廷做事，盡力彌補朝政漏洞，賈后雖然兇狠，但也知道敬重他。賈模、張華、裴顀三人齊心輔佐，這才讓朝廷在晉惠帝這個糊涂皇帝在位時，還能安穩了幾年。
這之后，朝廷把荊州、揚州的十個郡劃出來，新設了江州。八月辛未日，立隴西王司馬泰的世子司馬越為東海王。九月甲午日，秦獻王司馬柬去世。辛丑日，征西大將軍梁王司馬肜被召回朝廷，任衛將軍、錄尚書事。
元康二年（公元292年）二月己酉日，被廢的楊太后在金墉城去世。當時，太后身邊還有十幾個侍從，賈后把人全調走，斷了太后的飲食，八天后太后餓死。賈后怕太后到地下向晉武帝告狀，下葬時把棺材倒扣，還在里面放了各種詛咒的符書和藥物。八月壬子日，朝廷大赦天下。
元康三年（公元293年）六月，弘農下了場特大冰雹，積雪三尺深。鮮卑宇文部的首領莫槐被手下殺死，他弟弟普撥繼位。拓跋部的拓跋綽去世，侄子拓跋弗繼位。
元康四年（公元294年）正月丁酉日，安昌元公石鑒去世。五月，匈奴人郝散造反，攻打上黨，殺了當地長官。八月，郝散投降，卻被馮翊都尉殺死。這一年，全國鬧大饑荒。司隸校尉傅咸去世，他性格剛直、作風嚴謹，剛當上司隸校尉就上書：“現在官場貪污受賄成風，必須嚴厲整治！”當時朝廷管理松懈，權貴們肆意妄為，傅咸直接上奏罷免了河南尹司馬澹等官員，一下子震懾住了京城。這一年，慕容廆把部落遷到了大棘城。拓跋弗去世后，叔父拓跋祿官繼位。
元康五年（公元295年）六月，東海下了五寸深的冰雹，荊州、揚州、兗州、豫州、青州、徐州六個州發大水。十月，存放兵器和珍寶的武庫失火，歷代珍藏的寶貝和兩百萬件兵器全都燒沒了。十二月丙戌日，朝廷重新修建武庫，大量制造兵器。拓跋祿官把自己的部落分成三部分：自己親自統領上谷以北、濡源以西的地盤；讓哥哥沙漠汗的兒子猗統領代郡參合陂以北地區；讓猗的弟弟猗盧駐守定襄的盛樂故城。猗盧擅長打仗，向西攻打匈奴、烏桓等部落，大獲全勝。代人衛操帶著侄子衛雄和同鄉箕澹投奔拓跋部，勸說猗、猗盧招募晉人。猗覺得這主意不錯，還讓他們參與部落事務，來歸附的晉人越來越多。
元康六年（公元296年）正月，朝廷大赦天下。下邳獻王司馬晃去世。張華從中書監升任司空，太尉隴西王司馬泰代理尚書令，還改封為高密王。
夏天，郝散的弟弟郝度元聯合馮翊、北地的馬蘭羌、盧水胡造反，殺了北地太守張損，打敗馮翊太守歐陽建。征西大將軍趙王司馬倫寵信瑯邪人孫秀，和雍州刺史解系因為軍事問題鬧矛盾，雙方互相上書彈劾，歐陽建也上奏揭發司馬倫的罪行。朝廷覺得司馬倫在關右搗亂，就把他調回洛陽任車騎將軍，讓梁王司馬肜接替他當征西大將軍，都督雍、涼二州軍事。解系和解結兄弟都上書，要求殺了孫秀向氐族、羌族謝罪。張華把這事告訴司馬肜，讓他動手，司馬肜嘴上答應了。但孫秀的朋友辛冉勸司馬肜：“氐族、羌族造反，跟孫秀沒關系。”孫秀這才逃過一劫。司馬倫回到洛陽后，聽了孫秀的主意，拼命討好賈后和郭彰，賈后特別信任他。司馬倫趁機請求掌管尚書臺事務，還想當尚書令，張華和裴顀堅決反對，司馬倫和孫秀因此懷恨在心。
八月，解系被郝度元打敗，秦州、雍州的氐族、羌族全都造反，他們擁立氐族首領齊萬年為皇帝，包圍了涇陽。御史中丞周處向來不畏權貴，連梁王司馬肜犯法他都敢彈劾。十一月，朝廷任命周處為建威將軍，和振威將軍盧播一起歸安西將軍夏侯駿指揮，去討伐齊萬年。中書令陳準在朝堂上說：“夏侯駿和梁王都是皇親國戚，根本不懂打仗，打了勝仗不圖名，打了敗仗也不怕擔責。周處是南方人，忠誠正直又勇猛，可他得罪的人太多，這次出征沒人幫他。應該讓積弩將軍孟觀帶一萬精兵給周處當先鋒，這樣肯定能消滅叛賊；不然梁王肯定會讓周處打頭陣，然后故意不救，周處必敗無疑！”但朝廷沒聽他的建議。齊萬年聽說周處來了，說：“周大人以前當過新平太守，文武雙全，要是讓他獨自指揮，還真不好對付；要是他受制于人，那抓他就跟抓小雞一樣容易！”
這一時期，關中地區遭遇了饑荒和瘟疫的雙重打擊，百姓生活苦不堪。
早在之前，略陽清水的氐族人楊駒開始在仇池居住。仇池這塊地方，方圓有上百頃，旁邊是二十多里的平地，四周陡峭險峻，只有一條像羊腸一樣盤旋三十六道彎的小路能上去。到了他的孫子楊千萬這一代，歸附了曹魏，被封為百頃王。楊千萬的孫子楊飛龍時，勢力漸漸強大，遷徙到略陽。楊飛龍收養外甥令狐茂搜為兒子。十二月，為躲避齊萬年之亂，令狐茂搜率領略陽的四千氐族人家，回到仇池自保，還自稱輔國將軍、右賢王。關中不少為躲避戰亂的人都來投奔他，令狐茂搜不僅熱情迎接、妥善安置，對于想離開的人，還派兵護送并資助盤纏。
這一年，朝廷任命揚烈將軍、巴西人趙廞為益州刺史，讓他征調梁州、益州的兵力和糧草，支援雍州去討伐氐族和羌族。
元康七年（公元297年）
正月，齊萬年率領七萬大軍駐扎在梁山。梁王司馬肜和夏侯駿卻派周處僅帶五千士兵去攻打。周處說：“軍隊沒有后援，肯定會失敗，這樣不僅我白白送命，還會給國家帶來恥辱。”但司馬肜和夏侯駿根本不聽，硬逼著他出兵。癸丑日，周處與盧播、解系在六陌進攻齊萬年。周處的士兵連飯都沒吃，司馬肜還催促他們快速前進。從早上打到傍晚，周處的軍隊斬殺俘獲了很多敵人，但最后弓弦拉斷，箭矢用盡，援軍卻始終沒來。身邊的人勸周處撤退，他手握寶劍說：“今天就是我為國盡忠、獻出生命的時候！”最終力戰而死。朝廷雖然心里怪罪司馬肜，但也沒有真正治他的罪。
七月，雍州和秦州大旱，瘟疫橫行，米價暴漲，一斛米竟然賣到一萬錢。
丁丑日，京陵元公王渾去世。九月，朝廷任命尚書右仆射王戎為司徒，太子太師何劭為尚書左仆射。王戎身為三公，卻隨波逐流，對朝政毫無匡正補救。他把事務都丟給下屬，自己則經常外出游玩。王戎還特別貪財吝嗇，他的田園房產遍布天下，每天都親自拿著算籌，日夜計算財產，總覺得還不夠。家里種的李子品質好，他怕別人買了能得到種子，就把李子核都鉆壞再賣。他選拔人才，只看重虛名。阮咸的兒子阮瞻去見王戎，王戎問他：“圣人看重禮教，老子、莊子推崇自然，它們的宗旨是相同還是不同呢？”阮瞻回答：“大概差不多吧！”王戎感嘆了許久，就征召阮瞻做官。當時的人戲稱阮瞻為“三語掾”。
此時，王衍擔任尚書令，南陽的樂廣任河南尹，他們都擅長清談，把心思都放在世俗事務之外，在當時名聲很大，朝野上下的人都爭相效仿。王衍和弟弟王澄，喜歡品評人物，大家都把他們的評價當作標準。王衍風度神態清明秀雅，年少時，山濤見到他，感嘆了很久，說：“什么樣的老太婆，竟生出這么俊的孩子！不過，將來誤天下百姓的，說不定就是這個人！”樂廣性格謙和簡約，清心寡欲，從不與人爭名奪利。每次談論時，他都能用簡潔的語剖析道理，讓人信服，遇到不懂的問題，他就保持沉默。樂廣評價人時，一定先稱贊對方的長處，這樣對方的短處不用明說也就顯現出來了。王澄、阮咸、阮咸的侄子阮修、泰山的胡毋輔之、陳國的謝鯤、城陽的王夷、新蔡的畢卓等人，都把任性放縱當作豁達，甚至有人喝得爛醉、脫光衣服，也不覺得有什么不對。胡毋輔之有一次喝得大醉，他兒子胡毋謙之看到后，大聲喊著他的字：“彥國！你年紀大了，不能再這樣了！”胡毋輔之卻大笑著把兒子叫過來一起喝酒。畢卓曾擔任吏部郎，隔壁郎官釀的酒熟了，他趁著喝醉，夜里跑到酒甕邊偷酒喝，結果被管酒的人綁了起來，天亮一看，才發現是畢吏部。樂廣聽說后笑著說：“遵循禮教，一樣能找到樂趣，何必這樣放縱呢！”
當初，何晏等人推崇老子、莊子的學說，提出觀點：“天地萬物，都以‘無’為根本。‘無’，是開創萬物、成就事務，無處不在的。陰陽依靠它來化生萬物，賢者依靠它來成就品德。所以‘無’的作用，即使沒有爵位，卻最為尊貴！”王衍等人都十分喜愛并推崇這種觀點。從此，朝廷中的士大夫都把虛浮怪誕當作美好的品質，荒廢了本職工作。裴頠寫了《崇有論》來糾正這種錯誤風氣，他說：“人的欲望可以減少，但不能完全摒棄實際存在的東西；事務可以適當調節，但不能完全不做。有些用高談闊論裝點自己的人，極力強調有形事物的負累，大肆稱贊虛無的美好。有形事物帶來的負累有實際表現，虛無的道理卻難以驗證；巧妙的辭能取悅人，看似有道理的話容易迷惑人。大家聽了這些論，就被這種說法迷惑住了。雖然也有人不認同，但辭無法說服對方，又屈服于習慣認知，就認為虛無的道理確實不可動搖。一人倡導，百人附和，大家越走越遠，于是輕視治理世事的事務，鄙薄功利的作用，抬高不切實際的空談，貶低務實的賢才。人都追求名聲利益，這種風氣下，善辯的人夸大其詞，不善辭的人也稱贊其主旨。寫文章以虛無作為依托，就被稱為玄妙；當官卻不處理本職工作，就被稱為高雅深遠；立身行事放棄廉潔操守，就被稱為豁達。所以，砥礪奮進的風氣越來越衰微。放縱的人更是變本加厲，有的違背吉兇的禮儀，忽視儀容舉止，褻瀆長幼的秩序，混淆貴賤的等級，更過分的甚至赤身裸體、輕慢無禮，簡直無所不為，士人的品行也越發敗壞。
“萬物中那些有形體的，雖然從‘無’中產生，但一旦生成，‘有’就已經存在，‘無’只是‘有’所遺留的。所以養育已經生成的萬物，不是‘無用’就能保全的；治理已經存在的百姓，不是‘無為’就能管理好的。心不是具體的事務，但處理事務必須依靠心，所以不能說心是不存在的；工匠不是器物，但制作器物必須依靠工匠，所以不能說工匠不存在。因此，想要捕撈深潭中的魚，躺著休息是抓不到的；想要射落高墻上的鳥，靜靜拱手是無法捕獲的。由此可見，成就‘有’的都是‘有’，虛無對于已經存在的眾生又有什么益處呢！”然而，不良習俗已經形成，裴頠的這篇論述也無法挽回局面。
這一年，拓跋猗越過沙漠向北巡視，又向西攻略周邊各國，用了五年時間，使三十多個國家歸降依附。
元康八年（公元298年）
三月壬戌日，朝廷大赦天下。
九月，荊州、豫州、徐州、揚州、冀州五個州發生大水災。
當初，張魯占據漢中時，賨人李氏從巴西宕渠去投奔他。魏武帝曹操攻克漢中后，李氏帶領五百多家歸附，被封為將軍，遷徙到略陽北部，被稱為巴氐。李氏的孫子李特、李庠、李流，都有才能武藝，擅長騎馬射箭，性格豪爽仗義，同鄉和同黨大多歸附他們。齊萬年造反后，關中地區連年饑荒，略陽、天水等六個郡的幾萬戶百姓為了尋找食物，流亡到漢川。路上遇到生病、窮困的人，李特兄弟常常照顧救助，因此深得民心。流民們到了漢中，上書朝廷，請求到巴、蜀地區討生活，朝廷商議后不同意，派侍御史李苾拿著符節去慰問，同時監察流民，不讓他們進入劍閣。李苾到了漢中，接受了流民的賄賂，上奏說：“流民有十多萬，漢中一個郡根本無法賑濟；蜀地有糧食儲備，而且物產豐富，應該讓流民去那里獲取食物。”朝廷聽從了他的建議。從此，流民分散在梁州、益州，無法禁止。李特到劍閣時，感嘆道：“劉禪擁有這樣的險要之地，卻向人投降，難道不是庸才嗎！”聽到這話的人都覺得他不一般。
張華、陳準認為趙王司馬倫、梁王司馬肜先后在關中任職，卻都傲慢顯貴，駐軍日久卻毫無戰功，于是推薦孟觀，說他沉著堅毅，有文韜武略，適合去討伐齊萬年。孟觀身先士卒，迎著箭雨和飛石作戰，大大小小打了十多場仗，都取得了勝利。
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