壬戌日，北魏下詔：“各州刺史要精心考察下屬官員，根據他們的政績得失分為三等上報朝廷。”又下詔：“徐州、兗州、光州、南青州、荊州、洛州六州，要嚴格整頓軍備，隨時準備接受調遣。”十一月丁卯日，孝文帝下詔廢除世宗（北魏宣武帝，此時尚未即位，此處應為筆誤，或指前代相關設施）的東田，拆毀興光樓。
己卯日，南齊明帝為太子迎娶褚氏為太子妃，實行大赦。褚妃是褚澄的女兒。
庚午日，孝文帝前往委粟山，確定祭天的圜丘位置。己卯日，孝文帝召集儒生討論祭天禮儀。秘書令李彪建議：“魯國人要祭祀天帝，一定會先在泮宮祭祀先師。請陛下在祭天前一天到太廟告祭祖先。”孝文帝采納了他的建議。甲申日，孝文帝在圜丘祭祀天帝；丙戌日，實行大赦。
十二月乙未日初一，孝文帝在光極堂召見群臣，宣布官員品級制度，正式開始大規模選拔官員。光祿勛于烈的兒子于登援引舊例請求升官，于烈上奏表說：“如今朝廷推行圣明治理，官員應講究廉潔謙讓，而我的兒子于登卻援引舊例求官；這是我平時教導無方所致，請求將我罷官！”孝文帝說：“這真是有見識的話，沒想到于烈能有這樣的覺悟！”于是召見于登，對他說：“我正要教化天下，因為你父親有謙遜的美德、正直的風范，所以提拔你為太子翊軍校尉。”又加封于烈為散騎常侍，封為聊城縣子。
孝文帝對群臣說：“國家歷來有一件事讓人嘆息：大臣們不肯公開議論朝政得失。君主的擔憂是不能接受勸諫，臣子的擔憂是不能盡忠。從今以后，我任命一個人，如果有不合適的地方，你們要直接指出他的缺點；如果有有才能卻沒被我發現的人，你們也應當推薦。這樣一來，推薦賢才的人有賞賜，該說卻不說的人要治罪，你們要清楚這一點。”
丁酉日，南齊明帝下詔修繕晉朝皇帝的各個陵墓，增加守衛人員。
甲子日，孝文帝在光極堂召見群臣，賞賜他們禮服和官帽。
在此之前，北魏人從未使用過錢幣，孝文帝開始下令鑄造“太和五銖”錢。這一年，錢幣鑄造基本完成，孝文帝下詔朝廷和民間都可使用。
北魏任命光城蠻人首領田益光為南司州刺史，他所管轄地區的官員，允許他自行選拔任命。后來又在新蔡設立東豫州，任命田益光為刺史。
氐族首領楊炅去世。
建武三年（公元496年）丙子年。
春季正月丁卯日，南齊任命楊炅的兒子楊崇祖為沙州刺史，封為陰平王。
孝文帝下詔，認為：“北方人把‘土’叫做‘拓’，把‘后’叫做‘跋’。北魏的祖先源自黃帝，以土德稱王，所以姓拓跋。土，是黃色的，是萬物的本源；應當改姓為‘元’。各位從代都來的功臣舊族，姓氏有的重復，都要更改。”于是開始改拔拔氏為長孫氏，達奚氏為奚氏，乙旃氏為叔孫氏，丘穆陵氏為穆氏，步六孤氏為陸氏，賀賴氏為賀氏，獨孤氏為劉氏，賀樓氏為樓氏，勿忸于氏為于氏，尉遲氏為尉氏；其余姓氏的更改，多得記不過來。
孝文帝很重視門第宗族，認為范陽盧氏、清河崔氏（崔宗伯家族）、滎陽鄭氏（鄭羲家族）、太原王氏（王瓊家族）是四大名門望族，深受士大夫推崇，于是娶這四大家族的女子充實后宮。隴西人李沖因才能見識被重用，在朝中地位尊貴，他聯姻的家族，無一不是名望清高的門第；孝文帝也娶了他的女兒為夫人。
孝文帝下詔讓黃門郎、司徒左長史宋弁審定各州的士族等級，對很多家族的等級進行了升降調整。又下詔：“代都人以前沒有門第宗族之分，即使是功臣賢人的后代，也和地位低微的人沒有區別；所以有的人身居公卿高位，他的近親卻還在擔任卑微的官職。穆、陸、賀、劉、樓、于、嵇、尉這八姓，從太祖（拓跋珪）以來，功勛卓著，世代擔任王公，地位顯赫，應當通知司州、吏部，不讓他們的族人擔任卑微官職，待遇與四大名門望族相同。除這八姓之外，其他應該列入士族的家族，隨后再下詔書規定。
那些過去是部落首領，且從皇始年間（拓跋珪時期）以來，三代官職在給事以上或爵位達到王公的，定為‘姓’；如果原本不是部落首領，但從皇始年間以來，三代官職在尚書以上或爵位達到王公的，也定為‘姓’。部落首領的后代，若官職不顯赫，定為‘族’；原本不是部落首領，但官職顯赫的，也定為‘族’。所有這些‘姓’和‘族’，都要仔細審核，不容許假冒。命令司空穆亮、尚書陸琇等人詳細審定，務必做到公平合理。”陸琇是陸馛的兒子。
北魏舊制度規定：王國的侍從官（舍人）都應娶八姓及清高門第的女子。咸陽王元禧卻娶了奴仆出身的女子，孝文帝嚴厲責備他，趁機下詔為六個弟弟聘娶妻子：“之前你們娶的妻子，可以改為妾。咸陽王元禧，可聘娶前潁川太守隴西人李輔的女兒；河南王元干，可聘娶前中散大夫代郡人穆明樂的女兒；廣陵王元羽，可聘娶驃騎咨議參軍滎陽人鄭平城的女兒；潁川王元雍，可聘娶前中書博士范陽人盧神寶的女兒；始平王元勰，可聘娶廷尉卿隴西人李沖的女兒；北海王元詳，可聘娶吏部郎中滎陽人鄭懿的女兒。”鄭懿是鄭羲的兒子。
當時趙郡李氏家族，人才特別多，各支都保持著良好的家風，所以當時談論名門望族時，把“五姓”（盧、崔、鄭、王、李）放在首位。
大臣們商議認為薛氏是河東的名門望族。孝文帝說：“薛氏是蜀地人，怎么能列入郡中望族！”直閣將軍薛宗起手持戟站在殿下，走出隊列回答：“我的祖先在漢末在蜀地做官，兩代后就回到了河東，如今已經六代相傳，不是蜀地人了。陛下是黃帝的后代，在北方受封，難道能說陛下是胡人嗎！現在薛氏不能列入望族，我活著還有什么意義！”于是把戟摔在地上。孝文帝緩緩說：“這么說，我是甲等級別，你是乙等級別了？”于是將薛氏列入望族，還說：“你不是‘宗起’，而是‘起宗’（意為能振興宗族）啊！”
孝文帝和群臣討論選拔官員的制度，說：“近代以來，官員的高低出身，各有固定的等級；這種制度到底怎么樣？”李沖回答：“不知道從上古以來，設置官職、排列爵位，是為了富貴人家的子弟，還是為了治理天下？”孝文帝說：“當然是為了治理天下。”李沖說：“既然如此，陛下現在為什么只看重門第，不選拔有才能的人呢？”孝文帝說：“如果有過人的才能，不愁不被發現。但名門望族的子弟，即使沒有當下能用的才能，至少德行純正篤厚，所以我才任用他們。”李沖說：“傅說（商朝賢臣，出身低微）、呂望（姜子牙，出身低微），難道能憑門第得到重用嗎！”孝文帝說：“這樣非凡的人，幾百年才出一兩個罷了。”
秘書令李彪說：“陛下如果只看重門第，不知道魯國的三卿（季孫氏、孟孫氏、叔孫氏，都是名門），和孔子的四科弟子（德行、語、政事、文學，多出身普通）相比，誰更優秀呢？”著作佐郎韓顯宗說：“陛下怎么能讓貴族世代顯貴，讓卑微的人世代卑微呢！”孝文帝說：“如果有高明出眾、超出常人的人才，我也不會受這種制度的限制。”
不久，劉昶入朝，孝文帝對他說：“有人說選拔官員應只看才能，不必拘泥門第；我認為不是這樣。為什么呢？如果讓賢人與庸人混雜，高低不分，君子和小人的名分等級沒有區別，這實在不可行。現在我朝八姓以上的士人，品級分為九等，九品之外，出身低微的人擔任的官職又分七等。如果真有非凡人才，可以從平民直接提拔為三公。只是擔心賢才難得，不能為了一個人打亂我的典章制度。”
司馬光評論說：“選拔官員的制度，先看門第再看賢才，這是魏晉時期的嚴重弊端，而且歷代沿襲，沒有誰能改變。君子和小人的區別，不在于出身富貴還是貧賤。以今天的眼光來看，這是愚昧人和聰明人都明白的道理。在當時，即使像北魏孝文帝這樣賢明的君主，也免不了受這種弊端的影響。所以能明辨是非而不被世俗觀念迷惑的人，實在太少了！”
壬辰日，北魏改封始平王元勰為彭城王，恢復定襄縣王元鸞的城陽王爵位。
二月壬寅日，北魏下詔：“除非是戰爭時期，君臣都要守滿三年的喪期。”
丙午日，北魏下詔：“京城周圍地區七十歲以上的老人，在暮春時節到京城參加養老禮。”三月丙寅日，孝文帝在華林園宴請群臣及國老、庶老。下詔規定：“國老中，凡戴黃色帽子的，授予中散大夫、郡守的虛職；年老的，授予給事中、縣令的虛職。庶老，直接授予郡、縣的虛職，每人都賞賜鳩杖和衣裳。”
丁丑日，北魏下詔：“各州的中正官，各自舉薦本鄉有威望、年齡在五十歲以上且堅守貧寒本分的人，授予縣令、縣長的官職。”
壬午日，南齊明帝下詔：“皇帝車輛上有金銀裝飾的部件，全部去除。”
明帝一心追求節儉。太官曾進獻裹蒸（一種帶餡的糯米食品），明帝說：“我一次吃不完這個，可以分成四份，剩下的留著當晚飯。”又曾用皂莢（一種洗滌用品），把用過的皂莢水遞給侍從說：“這還能再用。”太官在正月初一向明帝祝壽時，使用了銀酒壺，明帝想把它打碎；王晏等人都稱贊明帝品德高尚，衛尉蕭穎胄卻說：“朝廷的盛大禮儀，沒有比正月初一更重要的。這一件器物既然是舊物，算不上奢侈。”明帝很不高興。后來明帝參加私人宴會，席上擺滿銀器，蕭穎胄說：“陛下之前想打碎銀酒壺，恐怕應該把這種想法用在這些銀器上。”明帝十分慚愧。
明帝親自處理細小事務，法令章程也制定得十分繁瑣，于是郡縣及六署、九府日常的政務，沒有不向上稟報的，都要等待皇帝的詔令來決定。文武功臣舊臣的任用，都不經過吏部選拔，親信之人憑借權勢，互相勾結推薦，官場事務因此過于繁雜。南康王侍郎潁川人鐘嶸上書說：“古代，賢明的君主根據才能分配政務，衡量能力授予官職，三公坐著討論治國之道，九卿負責具體事務，天子只需恭敬地坐在朝堂上即可。”奏書呈上后，明帝很不高興，對太中大夫顧暠說：“鐘嶸是什么人，竟敢想干預我的政務！你認識他嗎？”顧暠回答：“鐘嶸雖然職位低微、名聲不顯，但他的話或許有可取之處。況且繁雜瑣碎的事務，各有主管部門負責；現在君主總攬并親自處理，只會讓君主更加勞累而大臣更加安逸，這就是人們所說的‘代替廚師做飯、代替工匠砍木頭’啊。”明帝沒有理會，轉而談論其他事情。
夏季四月甲辰日，北魏廣州刺史薛法護前來向南齊投降。
北魏入侵司州，櫟城守將魏僧珉抵御并打敗了北魏軍隊。
五月丙戌日，北魏在河陰修建方澤（祭祀地神的場所）。又下詔規定，漢、魏、晉各代皇帝陵墓周圍百步內，禁止砍柴割草。丁亥日，孝文帝在方澤舉行祭祀儀式。
秋季七月，北魏廢黜皇后馮氏。起初，文明太后想讓自己的家族顯貴，挑選馮熙的兩個女兒進入后宮，其中一個早逝，另一個得到孝文帝的寵愛，不久后生病，回到家中做了尼姑。等到文明太后去世，孝文帝立馮熙的小女兒為皇后。不久，皇后的姐姐病愈，孝文帝思念她，又把她迎入宮中，封為左昭儀；皇后的寵愛漸漸減少。左昭儀自認為年長，而且先入宮，不遵守妾的禮儀。皇后很慚愧怨恨，左昭儀趁機誣陷皇后，導致皇后被廢。皇后向來有德行操守，于是住進瑤光寺做了修行的尼姑。
孝文帝因為長期干旱，從癸未日開始不吃東西，一直到乙酉日，群臣都到中書省請求拜見。孝文帝在崇虎樓，派舍人推辭不見，并且詢問群臣前來的原因。豫州刺史王肅回答：“現在京城四周都已下透了雨，只有京城雨量稍少。百姓還沒少一頓飯，陛下卻已經三天沒吃飯了，臣下們都惶恐不安，無地自容。”孝文帝派舍人回應說：“我幾天沒吃飯，上天還是沒有感應。近來朝廷內外無論貴賤，都說四周下了雨，我懷疑他們是想安慰我，不一定是真的。我正要派人去查看，如果真像他們說的那樣，我就立刻吃飯；如果不是，我活著還有什么意義！我會用自己的生命為百姓承擔災禍！”當天晚上，下了大雨。
北魏太子元恂不好學，身材向來肥胖，苦于河南地區天氣炎熱，常常想回到北方。孝文帝賜給他中原服飾，他卻常常私下穿著胡服。中庶子遼東人高道悅多次懇切勸諫，元恂很厭惡他。八月戊戌日，孝文帝前往嵩高，元恂和手下人密謀，召集養馬的輕騎兵逃往平城，還在宮中親手殺了高道悅。領軍元儼指揮宮門守衛攔截，到了晚上才平定混亂。第二天清晨，尚書陸琇騎馬飛奔去向孝文帝報告，孝文帝極為震驚，隱瞞了這件事，仍然按計劃到達汴口后才返回洛陽。
甲寅日，孝文帝入宮，召見元恂，列舉他的罪狀，親自和咸陽王元禧等人輪流杖打他一百多下，然后讓人把他拖出去，囚禁在城西；一個多月后元恂才能起身。
丁巳日，北魏相州刺史南安惠王元楨去世。
九月戊辰日，孝文帝在小平津講習武事；癸酉日，返回宮中。
冬季十月戊戌日，北魏下詔：“從代都來的士兵，都任命為羽林、虎賁（皇宮警衛部隊）。司州的百姓，每十二個人中征調一人為吏，以供給官府和私人的勞役需求。”
北魏吐京胡（少數民族部落）反叛，孝文帝下詔讓朔州刺史元彬兼管汾州事務，率領并州、肆州的軍隊討伐叛軍。元彬是元楨的兒子。元彬派統軍奚康生攻打反叛的胡人，打敗了他們，追擊到車突谷，再次擊敗叛軍，俘獲的各種牲畜數以萬計。孝文帝下詔任命元彬為汾州刺史。胡人去居等六百多人占據險要地形拒不投降，元彬請求調撥兩萬兵力討伐，有關部門上奏批準，孝文帝大怒說：“小小的賊寇，哪里需要調兵！可以根據情況自行討伐。如果不能攻克，必須動用大軍，那就先殺了刺史，再發兵！”元彬十分害怕，親自率領州里的軍隊，身先士卒，討伐去居，平定了叛亂。
孝文帝在清徽堂召見群臣，商議廢黜太子元恂。太子太傅穆亮、少保李沖摘下官帽磕頭請罪。孝文帝說：“你們請罪是出于私人情誼，我商議的是國家大事！‘為了大義而不顧親情’，這是古人推崇的準則。現在元恂想違背父親、逃叛北方，占據恒州、朔州，天下的罪惡還有比這更大的嗎！如果不除掉他，將會成為國家的禍患。”閏十月丙寅日，孝文帝廢黜元恂為平民，把他安置在河陽無鼻城，派兵看守，供給的衣服和食物，僅夠勉強避免饑寒而已。
戊辰日，北魏設置常平倉（用于調節糧價、儲備糧食的機構）。
戊寅日，南齊太子蕭寶卷舉行加冠禮。
起初，北魏文明太后想廢黜孝文帝，穆泰懇切勸諫才阻止了此事，穆泰因此受到孝文帝的寵信。等到孝文帝遷都洛陽，所親近信任的大多是中原的儒士，宗室和代都舊臣往往不高興。穆泰從尚書右仆射調任定州刺史，他自稱長期患病，在溫暖的地方病情會加重，請求調任恒州；孝文帝為此調恒州刺史陸睿為定州刺史，讓穆泰接任恒州刺史。穆泰到恒州后，陸睿還沒出發，兩人就一起密謀叛亂，暗中勾結鎮北大將軍樂陵王元思譽、安樂侯元隆、撫冥鎮將魯郡侯元業、驍騎將軍元超等人，共同推舉朔州刺史陽平王元熙為盟主。元思譽是元天賜的兒子；元業是元丕的弟弟；元隆、元超都是元丕的兒子。陸睿認為洛陽政治清明，勸穆泰暫緩行動，穆泰因此沒有立即發動叛亂。
元頤假裝答應穆泰等人來穩住他們，同時秘密把情況上報給孝文帝。行吏部尚書任城王元澄生病，孝文帝在凝閑堂召見他，說：“穆泰圖謀叛亂，煽動引誘宗室。如果真的發生叛亂，現在遷都剛完成，北方人留戀舊地，南北局勢混亂，我在洛陽就站不住腳了。這是國家大事，只有你能處理。你雖然生病，也要勉強為我北上，觀察局勢。如果他們勢力薄弱，就直接去擒獲他們；如果他們勢力強盛，你可以秉承我的旨意調遣并州、肆州的軍隊攻打他們。”元澄回答：“穆泰等人愚昧糊涂，只是因為留戀舊地才想出這個主意，沒有深謀遠慮；我雖然無能膽怯，也足以制服他們，希望陛下不要擔憂。即使我有犬馬之疾，也不敢推辭！”孝文帝笑著說：“任城王愿意前往，我還有什么可擔憂的！”于是授予元澄符節、銅虎符、竹使符和宮中侍衛，讓他兼管恒州事務。
元澄走到雁門，雁門太守連夜報告說：“穆泰已經領兵向西去投靠陽平王元熙了。”元澄立即下令進軍。右丞孟斌說：“事情還不可預料，應該按照陛下的詔令召集并州、肆州的軍隊，然后慢慢前進。”元澄說：“穆泰既然圖謀叛亂，應該占據堅固的城池；卻反而去迎接陽平王，推測他的行為，應該是勢力薄弱。穆泰既然沒有抵抗，無故發兵不合適。只要迅速前往恒州鎮撫，民心自然會安定。”于是加速前進。元澄先派治書侍御史李煥單人匹馬進入代都，出其不意地告知穆泰的黨羽禍福，這些人都不愿再為穆泰效力。穆泰無計可施，率領手下幾百人攻打李煥，沒有攻克，逃到城西；李煥追擊并擒獲了他。元澄也很快趕到，徹底追查穆泰的黨羽，逮捕了陸睿等一百多人，把他們都關進監獄，民間秩序安定。元澄詳細把情況上奏給孝文帝，孝文帝很高興，召集公卿大臣，把奏表給他們看，說：“任城王可以說是國家的棟梁之臣啊。看他審訊的供詞，即使是古代的皋陶（舜時的司法官）也比不上他！”又回頭對咸陽王元禧等人說：“如果是你們遇到這種情況，肯定處理不了。”
孝文帝謀劃入侵南齊，在清徽堂召見公卿大臣，說：“我在中原定都，各項制度大致確立；只有南方的敵寇還沒平定，怎么能像近代的天子那樣在深宮中安逸享樂呢！我現在決定南征，只是還沒確定出發的時間。近來術士都說，現在前去一定能取勝。這是國家大事，你們要各自說出自己的看法，不要因為我先表了態，就當面順從，背后又有不同意見。”李沖回答：“大凡用兵之道，應該先考慮人事，再觀察天道。現在占卜雖然吉利，但人事還沒準備好，遷都剛完成，今年秋天的糧食沒有豐收，不能發動軍隊。依我之見，應該等到明年秋天。”孝文帝說：“十七年前，我率領二十萬大軍，當時人事方面準備得很充分，卻因為天時不利而失敗。現在天時有利，又說人事沒準備好，按仆射的說法，我們就永遠沒有征伐的時機了。敵寇近在咫尺，將來會成為國家的禍患，我怎么敢安心！如果今年秋天南征不能取勝，你們都要被交給司寇治罪，不要不盡心盡力！”
孝文帝因為因犯罪被流放邊疆的人大多逃跑，于是制定制度：一個人逃跑，全家都要服勞役。光州刺史博陵人崔挺上書勸諫說：“天下的善人少，惡人多。如果一個人犯罪，牽連全家，那么司馬牛（孔子弟子，因哥哥桓魋叛亂而受牽連）會因桓魋的罪行受罰，柳下惠（春秋時賢人）會因弟弟盜跖（春秋時盜賊）的罪行被殺，這難道不悲哀嗎！”孝文帝認為他說得對，于是廢除了這項制度。
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