就在熊本之戰的第二日，已經降服了對馬宗家的北路艦隊，從對馬島出發兵分兩路，一路在鄭芝龍的帶領下撲向了平戶，另一路則在荷蘭人普特曼斯的帶領下進攻了長崎。

這兩處地方本就沒有什么常備武力，而薩摩藩起兵更是讓周邊的兵力抽調一空，因此長崎奉行竹中采女很快就逃往了佐賀藩。不過當竹中采女抵達佐賀藩不久，熊本平原聯軍大敗，熊本藩和薩摩藩聯手的消息便傳到了佐賀藩。

九州島最為富庶的其實只有兩個地方，一個是控制了對外貿易的長崎和平戶，另一個便是擁有大片平原和水系的熊本藩。其他地區的大名其實都不富裕，這次為了抵抗薩摩軍，基本上已經將老本都拿出來了。

熊本平原上各藩聯軍的覆滅，使得各藩實際上已經沒有抵抗熊本-薩摩聯軍的力量了。而佐賀藩就更慘了，不僅藩中的精銳為之一空，連家主都被人俘虜了去。因此當竹中采女試圖讓佐賀藩出兵幫助他收復長崎、平戶時，藩中的上下并無心理睬他，大家都忙著怎么讓本家保存下去，并打聽出家主是否還活著的事。

竹中采女在佐賀藩只待了兩天就不得不繼續跑路了，一來此地人心惶惶，對于幫助他收復長崎、平戶并無心力；二來便是藩中不少人員對他的態度越來越冷淡，這讓他擔憂佐賀藩會倒向熊本-薩摩聯軍。

于是竹中采女再次逃亡，這次的目的地是此前沒有出兵，在九州北部實力最為完整的福岡藩。

因為家主和首席家臣之間的內斗，幸運的逃過一劫的黑田家，此刻也處在一種僥幸和茫然的狀態之中。

福岡藩和兩個支藩相加，領地固然超過了50萬石，但是在北九州聯軍已經被熊本-薩摩聯軍覆沒的狀況下，他們并不覺得自己能夠抵擋得住熊本-薩摩聯軍的進攻。

不過福岡藩內雖然因為這一突然變故而緩和了內部矛盾，但是圍繞著福岡藩接下來是繼續抵抗熊本-薩摩聯軍，還是向聯軍低頭的問題，又形成了兩派意見。

栗山利章等信任幕府實力的家臣們，認為應該繼續抵抗熊本-薩摩聯軍，直到幕府派出大軍征討九州為止。

而另外一部分家臣則認為，熊本-薩摩聯軍勢力強大，九州北面的長州藩又同幕府敵對，在短時間內幕府根本不可能派出大軍征討九州，為了保存本藩的實力，不如先同聯軍虛與委蛇，表明中立的立場。

一直和栗山利章爭斗不休的黑田忠之，雖然不敢公開支持中立派家臣的主張，但是他在暗中卻是極力支持在幕府和聯軍中中立的意見的。

福岡藩上下于是陷入了一個糾結的兩難選擇，選擇抵抗聯軍，當下福岡藩就要滅亡了；選擇向聯軍屈服，那么事后又要被幕府所清算。

不過竹中采女帶來的長崎、平戶的淪陷消息，終于讓家主黑田忠之下定了決心。明國和南蠻人的插手，使得九州島已經成為了孤島。

福岡城位于博多及那珂川之間的福崎丘陵上，城下町位于城池的北面，距離大海很近。這座城池雖然被稱之為石城，但是為了消除幕府的戒心，前任藩主最終還是拆毀了城中的天守閣。

也就是說，福岡城其實和長崎一般，都是一座港口城市，既然明人和南蠻人同熊本-薩摩軍聯手，那么福岡城就面臨著被海陸夾擊的危險。

黑田忠之并不認為，有著明人和南蠻艦隊相助的熊本-薩摩聯軍會輸給幕府。于是他開始向家臣們表明了自己的態度，并要求竹中采女離開福岡城。

黑田忠之的倒戈，讓竹中采女憤恨不已，但是幕府勢力在九州的消退，讓他無法對黑田忠之的行為作出任何反擊，他只能離開福岡城，前往九州最北端的小倉藩。

栗山利章不能接受黑田忠之的決定，于是跟隨竹中采女一起離開。但是當他們抵達小倉城不久，細川忠興卻下令抓捕了兩人，然后將他們視為禮物送給了聯軍，作為小倉藩向聯軍徹底投靠的證明。

細川忠興押著兩人向聯軍投誠時，加藤忠廣才帶著9000軍勢跨過了筑后川，距離小倉藩還有百余里呢。

北路艦隊在十一月十二日奪取長崎和平戶之后，立刻在當地建立起了統治秩序。之所以能夠這么快控制當地形勢，除了900名全副武裝的士兵之外，當地的華人和切支丹教徒也提供了極大的幫助。

普特曼斯雖然極想獨自霸占長崎港，但是鄭芝龍及葡萄牙人的牽制下，不得不認可了長崎、平戶自治的原則。雖然被幕府驅逐過，但荷蘭人在長崎還是擁有一定根基的，在自治會議上占據了大約40%的席位。

而華人和葡萄牙人支持的切支丹教徒同樣占據了40%的議會席位，最后的20%席位則落入到了愿意和艦隊合作的本地商人的頭上。