為了迅速安定安南，朱載j向交趾布政使司派出了大量的官員，這些官員都是經過吏部和都察院嚴格考核的，對于交趾布政使司各州縣，吏部也采取了和內地不一樣的考核辦法，對于安南的州縣官員們來說，賦稅在現階段不是主要的考成指標，地方的安定才是主要的考成指標，一旦出現民變、叛亂等，對于地方州縣的官員們來說，他們的考成就會受到極大的影響，但是地方能夠將這些叛亂予以鎮壓的話，朝廷也會予以嘉獎，總之就是將安定地方作為對于地方官府的主要考成。

要求地方官府要迅速的將地方安定下來，同時朱載j命令翰林醫官院選派醫術精湛的醫生，前往交趾布政使司各州縣，一來是為診治疾病，防止瘟疫的發生，二來是指導地方官府將有可能產生瘴氣的地方予以處理，朱載j很清楚，瘴氣最主要的就是瘧疾、痢疾等疾病，要嚴厲執行有關衛生的相關條例，對于容易滋生蚊蟲的地方予以處理，要防范出現瘴癘，尤其是水源和食物，要注重消毒。

安南植被茂盛，并不缺乏樹木，所以朱載j特地下旨，嚴禁士卒們飲用生水，除此之外，對于官軍的進攻路徑也要予以規劃，朱載j命令沐昌祚、劉等官軍大將們要注意天氣的變化，一旦氣候轉暖，官軍就必須做好防范瘴氣的相關準備，除了兩廣、緬甸、云南等適應當地氣候的官軍可以留在本地之外，其余各部官軍先返回駐地，安南已經是大明案板上的肉了，不必付出不必要的傷亡。

朱載j在了解的前線的信息之后向沐昌祚下達命令，官軍打到賢良江并且駐守就可以了，主要控制安南北部，等到官軍適應了當地的氣候，同時朝廷在安南北部站穩腳跟之后，再渡過賢良江南北夾擊，將阮氏消滅就行了，大明第一階段的任務就是消滅鄭氏和黎朝政權，鄭氏現在已經是茍延殘喘了，朱載j命令沐昌祚督促諸將，在天氣轉暖之前將鄭氏消滅，打到賢良江。

同時對于阮氏，朱載j命令交趾布政使司嚴令阮潢將黎朝偽帝交出來，否則官軍就要渡過賢良江，消滅阮氏，同時朱載j將鄭、莫之戰的相關詳情昭告天下，尤其是安南，當年莫氏篡位的時候，在莫登庸的授意下，朝廷派人前往莫登庸的祖籍地宜陽古齋社，給莫登庸加九錫，封安興王。不久又炮制了一首頌揚周公輔佐周成王的詩。莫登庸從古齋前往升龍，在他的授意下，群臣建議黎恭帝禪位。武睿等忠于后黎朝的大臣不服，辱罵莫登庸，皆被殺。

嘉靖六年，莫登庸接受了黎恭帝的禪位，成立莫朝，改元明德，恭帝被廢為泰王。不久脅迫恭帝與太后鄭鸞一起自殺。嘉靖九年，清化人黎意自稱后黎朝宗室的外孫，在椰州起兵，宣布恢復黎昭宗的光紹年號。后黎朝遺臣紛紛投奔其麾下，短短旬月之間各郡縣紛紛響應，兵至數萬人，屯兵馬漆江。

黎意的勢力越來越大，攻入了西都城。莫登瀛得知此事，率軍親征，與莫國楨合兵擊之，被黎意大敗。此時黎意聲名大振，退往椰州享樂。莫國楨得知黎意無備，率師偷襲，將其擒獲，車裂于升龍。黎意的殘部逃往哀牢投奔阮淦，使阮淦勢力得到壯大；同時阮淦找到了一位名叫黎維寧的人，自稱是黎昭宗之子，將其立為皇帝（是為后黎莊宗），試圖讓其歸國復位。