另外，各戰區下設各基地司令部，基地司令部設基地司令一名，這些基地司令直接向戰區司令負責，而不需要向海軍司令部負責。戰區司令可以在戰區權限范圍之內安排基地司令官，也就是說，戰區司令官具備了部分人事大權。

同時，聶人鳳還對海軍司令部的結構做了調整。海軍參謀部得以保留，不過其主要任務是協調各戰區的作戰行動，以及配合行動，另外負責協調各艦隊的行動。因為各戰區的艦隊并不固定，比如某艦隊在西太平洋戰區執行作戰任務，即為西太平洋艦隊，如果后來前往印度洋執行任務，則為印度洋艦隊（這是在戰爭中期單獨設置戰區司令的一個重要原因）。因此，海軍參謀部的主要職責，就是協調各艦隊的行動。

海軍司令部還另外設置戰略處。戰略處的主要工作就是制訂海軍的戰略計劃，以讓各戰區司令部，艦隊配合完成戰略計劃。設置情報處，主要負責處理情報，并且直接向各戰區司令部，艦隊提供情報支援。后勤部降級為后勤處，負責為海軍籌備戰爭物資，并且為各戰區，艦隊調配戰爭物資。人事部降級為人事處，主要負責新兵，新軍官的安置與分配工作。裝備發展處，主要負責監督海軍艦艇戰機以及彈藥等等裝備的制造與研制工作。

可以說，聶人鳳完全是按照戰時體制對海軍進行了一次全面改組。新的海軍體系的任務就是將海軍的戰斗力都發揮出來，戰勝敵人，并且取得最后的勝利。而這其中，最大的亮點還是新的艦隊編制體系。

新的艦隊編制中，已經直接取消了以戰列艦等主力戰艦為核心的體制，艦隊的基本組成是各類型的編隊，比如航母編隊，戰列艦編隊，巡洋艦編隊，驅逐艦編隊等。而艦隊司令官可以根據實際的情況，從這些編隊中挑選某些編隊，或者是某些戰艦，組成特混艦隊，然后以特混艦隊的方式執行作戰行動。比如，西太平洋艦隊可以編制第一特混艦隊，而在第一特混艦隊中可以出現航母編隊，戰列艦編隊，巡洋艦編隊，驅逐艦編隊等。而特混艦隊的指揮大權直接由艦隊司令官掌握，或者是由艦隊司令官任命其他人員為特混艦隊司令官，由其指揮特混艦隊執行作戰任務。

在這個新的艦隊指揮體系中，艦隊司令官的權限在某些方面得到了加強，不過在某些方面也被削弱了。而為了平衡權力，艦隊司令官仍然是中將，特混艦隊司令官是少將，或者準將，而各編隊司令官為準將。新的艦隊編制體系的一個重要特點就是，各艦隊可以根據實際的情況來靈活配置艦隊的戰斗力，以期用最小的代價獲得最大的勝利。這要比之前的舊式艦隊體系先進得多。_a