咸安元年（辛未年，公元371年）
春天正月，袁瑾、朱輔向秦國求救，秦王苻堅任命袁瑾為揚州刺史，朱輔為交州刺史，派武衛將軍武都王苻鑒、前將軍張蠔率領兩萬步兵騎兵去救援。大司馬桓溫派淮南太守桓伊、南頓太守桓石虔等人在石橋攻打苻鑒、張蠔，把他們打得大敗，秦兵退守慎城。桓伊是桓宣的兒子。丁亥日，桓溫攻下壽春，活捉袁瑾、朱輔和他們的宗族，押送到建康處死。
秦王苻堅把關東的豪杰和各族共十五萬戶遷到關中，把烏桓人安置在馮翊、北地，把丁零人翟斌安置在新安、澠池。那些因戰亂流亡、想回原籍重操舊業的人，都聽憑他們回去。
二月，秦國任命魏郡太守韋鐘為青州刺史，中壘將軍梁成為兗州刺史，射聲校尉徐成為并州刺史，武衛將軍王鑒為豫州刺史，左將軍彭越為徐州刺史，太尉司馬皇甫覆為荊州刺史，屯騎校尉天水人姜宇為涼州刺史，扶風內史王統為益州刺史，秦州刺史西縣侯苻雅為使持節、都督秦、晉、涼、雍州諸軍事、秦州牧，吏部尚書楊安為使持節、都督益、梁州諸軍事、梁州刺史。重新設置雍州，治所設在蒲阪；任命長樂公苻丕為使持節、征東大將軍、雍州刺史。梁成是梁平老的兒子；王統是王擢的兒子。苻堅因為關東剛平定，地方官得選合適的人，讓王猛根據實際情況選拔優秀人才，補充六州的太守、縣令，任命后，再上報朝廷正式任命。
三月壬辰日，益州刺史建成定公周楚去世。
秦國后將軍金城人俱難在桃山攻打蘭陵太守張閔子，大司馬桓溫派兵擊退了他。
秦國西縣侯苻雅、楊安、王統、徐成以及羽林左監朱肜、揚武將軍姚萇率領七萬步兵騎兵討伐仇池公楊纂。
代國將領長孫斤圖謀刺殺代王拓跋什翼犍，世子拓跋寔阻止他，被傷了肋骨，最終抓住長孫斤，把他殺了。
夏天四月戊午日，大赦天下。
秦兵到了鷲峽，楊纂率領五萬兵眾抵抗。梁州刺史弘農人楊亮派督護郭寶、卜靖率領一千多騎兵援助楊纂，和秦兵在峽中交戰；楊纂的軍隊大敗，戰死的有十分之三四。郭寶等人也戰死了，楊纂收編殘兵逃回。西縣侯苻雅進軍攻打仇池，楊統率領武都的兵眾投降秦國。楊纂害怕了，反綁雙手出城投降，苻雅把楊纂送到長安。任命楊統為南秦州刺史；加授楊安都督南秦州諸軍事，鎮守仇池。
王猛在枹罕打敗張天錫時，俘獲了他的將領敦煌人陰據和五千名士兵。秦王苻堅攻克楊纂后，派陰據率領他的士兵返回涼州，派著作郎梁殊、閻負送他們回去，順便讓王猛寫信勸諭張天錫說：“過去您的先王向劉、石稱臣，是因為認清了強弱形勢。現在論涼州的實力，比過去減弱了；說大秦的德行，不是二趙能比的；而將軍您卻反而和我們斷絕關系，恐怕不是宗廟的福氣吧！憑秦國的威力，能震懾四方，可以讓弱水向東流，讓長江、黃河向西淌。關東已經平定，將要調兵到河右，恐怕不是六郡官民能抵抗的。劉表說過漢南可以保住，將軍您說西河可以保全，吉兇都由自己決定，過去的事例不遠，您應該深思熟慮，為自己謀求福分，不要讓六代人的基業毀于一旦！”張天錫非常害怕，派使者謝罪稱臣。苻堅任命張天錫為使持節、都督河右諸軍事、驃騎大將軍、開府儀同三司、涼州刺史、西平公。
吐谷渾王辟奚聽說楊纂戰敗，五月，派使者向秦國獻上一千匹馬、五百斤金銀。秦國任命辟奚為安遠將軍、川侯。辟奚是葉延的兒子，好學，仁厚卻沒有威嚴決斷。他的三個弟弟專橫放縱，國人都擔心。長史鐘惡地是西羌的豪強，對司馬乞宿云說：“三個王爺橫行霸道，權勢超過國王，國家快滅亡了。我們兩人身為輔政大臣，怎能坐視不管！明天是月中，文武百官都會聚集，我要討伐他們。國王身邊的人都是我們羌人，我眨眨眼示意，立刻就能擒獲他們。”乞宿云請求先告訴國王，鐘惡地說：“國王仁慈卻沒決斷，告訴了他一定不會同意。萬一事情泄露，我們就全完了。話已出口，怎能中途改變！”于是在座位上逮捕了三個弟弟，殺了他們。辟奚又驚又怕，自己鉆到床底下，鐘惡地、乞宿云上前扶起他說：“我們昨天夢見先王刺了我們一下，說：‘三個弟弟要謀反，不能不討伐。’所以才殺了他們。”辟奚因此發病，精神恍惚，命令世子視連說：“我連累了同胞兄弟，到了地下有何面目見他們！國家大小事務，都由你處理，我剩下的這點壽命，只能茍活罷了。”不久就因憂慮去世了。
視連繼位，七年不喝酒、不打獵，軍政大事都交給將領輔佐。鐘惡地勸諫，認為：“君主應當自己娛樂，建立威望、布施恩德。”視連哭著說：“我家從先代以來，以仁孝忠恕相傳。先王因兄弟友愛沒能善終，悲憤而死。我雖然繼承了家業，也只是空占位置而已，聲色娛樂，怎會安心！威望恩德的建立，只能交給將來了。”
代國世子拓跋寔因傷去世。
秋天七月，秦王苻堅到洛陽。
代國世子拓跋寔娶了東部大人賀野干的女兒，有個遺腹子，甲戌日，生下男孩，代王拓跋什翼犍為此在境內大赦，給孩子取名涉圭。
大司馬桓溫因為梁、益二州多盜賊，周氏世代有威名，八月，任命寧州刺史周仲孫監理益、梁二州諸軍事，兼任益州刺史。周仲孫是周光的兒子。
秦國任命光祿勛李儼為河州刺史，鎮守武始。
王猛因潞川之戰的功勞，請求任命鄧羌為司隸校尉。秦王苻堅下詔說：“司隸校尉負責京城附近的治理，責任重大，不是用來優待名將的職位。光武帝不把行政事務交給功臣，實在是看重他們。鄧羌有廉頗、李牧的才能，我正要把征伐的大事托付給他，北伐匈奴，南蕩揚、越，這才是鄧羌的職責，司隸校尉怎能困住他！晉升他為鎮軍將軍，位特進。”
九月，秦王苻堅返回長安。歸安元侯李儼在上邽去世，苻堅又任命李儼的兒子李辯為河州刺史。
冬天十月，秦王苻堅到鄴城，在西山打獵，十多天不回來。藝人王洛拉住馬勸諫說：“陛下關系到萬民的安危，現在久獵不歸，一旦發生意外，怎么對太后、對天下人交代！”苻堅因此停止打獵回宮。王猛趁機進說：“打獵確實不是緊急事務，王洛的話，不能忘了。”苻堅賞賜王洛一百匹帛，任命他為官箴左右，從此不再打獵。
大司馬桓溫仗著自己有才能謀略、地位聲望高，心里藏著篡位的念頭，曾摸著枕頭感嘆：“男人就算不能流芳百世，也該遺臭萬年！”有個會看相的術士杜炅，能看出人的貴賤，桓溫問他自己的官職能到什么地步，杜炅說：“明公您的功勛能和宇宙平齊，地位能到臣子的。”桓溫聽了很不高興。他本想先在黃河以北立戰功，以此贏得大家的認可，回來后接受九錫（古代帝王賜給重臣的最高禮遇）。可枋頭打了敗仗，威望大減。后來攻下壽春，他問參軍郗超：“這能洗刷枋頭的恥辱嗎？”郗超說：“不能。”過了很久，郗超到桓溫那里留宿，半夜對桓溫說：“明公您難道沒什么顧慮嗎？”桓溫說：“你想說什么？”郗超說：“明公肩負天下重任，如今都六十歲了，大敗之后，如果不建立非凡的功勛，就沒法穩住民心！”桓溫問：“那怎么辦？”郗超說：“明公不做伊尹、霍光那樣廢立君主的事，就沒法建立權威，震懾天下。”桓溫本來就有這心思，覺得他說得對，就和他定下計劃。因為當時的皇帝向來謹慎沒過錯，不好直接找茬，可私生活容易捏造罪名，于是就散布說“皇帝早就有陽痿的病，他寵信的相龍、計好、朱炅寶等人，經常在后宮伺候，還有兩個美人田氏、孟氏生了三個男孩，皇帝想立他們為太子，顛覆皇家基業”。這話偷偷在民間傳開，當時的人沒人能分清真假。
十一月癸卯日，桓溫從廣陵準備回姑孰，駐扎在白石。丁未日，他到建康，暗示褚太后廢黜皇帝，立丞相會稽王司馬昱，并把寫好的詔書草稿給太后看。太后正在佛堂燒香，內侍稟報：“外面有緊急奏章。”太后出來，靠著門看了幾行，就說：“我本來就懷疑這事！”看到一半停下，拿過筆添了句：“我這未亡人不幸遭這么多憂患，想到活著和死去的人，心里像被刀割一樣。”
己酉日，桓溫召集百官到朝堂。廢立君主是歷代少有的事，沒人知道該按什么規矩來，百官都嚇得發抖。桓溫自己也緊張得臉色變了，不知道該怎么辦。尚書仆射王彪之知道這事攔不住，就對桓溫說：“您輔佐皇家，該依照前代的例子。”于是讓人取來《霍光傳》，禮儀制度很快就定了下來。王彪之穿著朝服站在臺階上，神情堅定，毫無懼色。文武百官的禮儀標準，都由他定下來，朝廷上下因此都佩服他。接著宣布太后的詔令，廢皇帝為東海王，讓丞相、錄尚書事、會稽王司馬昱繼承皇位。百官進入太極前殿，桓溫派督護竺瑤、散騎侍郎劉亨收回皇帝的玉璽綬帶。皇帝戴著白帽子、穿著單衣，從西堂走下來，坐牛車出了神虎門，群臣叩拜送別，沒有不抽噎的。侍御史、殿中監帶一百名士兵護送他到東海王府第。桓溫率領百官準備好皇帝的車馬儀仗，到會稽王府迎接會稽王。會稽王在朝堂換了衣服，戴平巾幘、穿單衣，面朝東流淚，拜受玉璽綬帶，當天就即位做了皇帝，改了年號。桓溫出宮住在中堂，派兵駐守防衛。桓溫腳有毛病，皇帝下詔讓他坐車進殿。桓溫準備了說辭，想講廢立的原因，可皇帝召見他時，剛見面就流了幾十行眼淚，桓溫又慌又怕，最終一句話沒說就出來了。
太宰武陵王司馬曦，喜歡軍事，被桓溫忌恨，桓溫想廢了他，把這事告訴王彪之。王彪之說：“武陵王是皇室近親，又沒明顯的罪過，不能因為猜疑就廢黜流放他。您擁立圣明的君主，該尊崇王室，和伊尹、周公一樣留美名；這是大事，該再仔細考慮。”桓溫說：“這事已經定了，你別再說了！”乙卯日，桓溫上奏“司馬曦聚集輕浮剽悍的人，他兒子司馬綜驕橫殘忍；袁真叛亂，和他有牽連。近來他心懷猜疑恐懼，會成為禍亂的根源。請免去司馬曦的官職，讓他以王的身份回封地。”皇帝同意了，還免去了他世子司馬綜、梁王等人的官職。桓溫派魏郡太守毛安之率領部下在殿中值宿守衛。毛安之是毛虎生的弟弟。
庚戌日，尊褚太后為崇德太后。
當初，殷浩去世，大司馬桓溫派人送信吊唁。殷浩的兒子殷涓不回信，也不去拜見桓溫，反而和武陵王司馬曦來往。廣州刺史庾蘊是庾希的弟弟，向來和桓溫有矛盾。桓溫討厭殷、庾兩家勢力大，想除掉他們。辛亥日，桓溫讓他弟弟桓秘逼迫新蔡王司馬晃到西堂叩頭自首，說自己和司馬曦及他兒子司馬綜、著作郎殷涓、太宰長史庾倩、掾曹秀、舍人劉強、散騎常侍庾柔等人謀反；皇帝對著他流淚，桓溫把這些人都抓起來交給廷尉。庾倩、庾柔都是庾蘊的弟弟。癸丑日，桓溫殺了東海王的三個兒子和他們的母親。甲寅日，御史中丞譙王司馬恬按桓溫的意思，請求依法處死武陵王司馬曦。皇帝下詔說：“這事太讓人悲痛惶恐了，我不忍心聽，更別說談論了！還是再仔細商議吧！”司馬恬是司馬承的孫子。乙卯日，桓溫再次上奏堅決請求處死司馬曦，辭很嚴厲。皇帝于是親手寫詔書給桓溫：“如果晉朝的國運還長，您就該遵從之前的詔令；如果國運到頭了，我就給賢能的人讓路。”桓溫看了詔書，嚇得流汗臉色大變，就上奏廢黜司馬曦和他三個兒子，把他們的家屬都遷到新安郡。丙辰日，把新蔡王司馬晃廢為平民，遷到衡陽；殷涓、庾倩、曹秀、劉強、庾柔都被滅族，庾蘊喝毒酒zisha。庾蘊的哥哥東陽太守庾友的兒媳是桓豁的女兒，所以桓溫特別赦免了她。庾希聽說出事，和弟弟會稽王參軍庾邈及兒子庾攸之逃到海陵的沼澤里。桓溫殺了殷、庾兩家后，威勢極大，侍中謝安見到桓溫遠遠就下拜。桓溫驚訝地說：“安石，你怎么這樣？”謝安說：“沒有君主在前下拜，臣子在后作揖的道理。”
戊午日，大赦天下，文武官員都升兩級。
己未日，桓溫到白石，上書請求回姑孰。庚申日，皇帝下詔晉升桓溫為丞相，大司馬職位不變，留在京城輔佐朝政；桓溫堅決推辭，還是請求回封地。辛酉日，桓溫從白石回姑孰。
秦王苻堅聽說桓溫廢立君主，對群臣說：“桓溫之前在灞上打敗仗，后來又在枋頭打敗仗，不知道反省自責向百姓謝罪，反而廢黜君主來給自己辯解，一個六十歲的老頭，做出這種事，怎么在天下立足呢！俗話說：‘對家里人發火，卻對父親變臉。’說的就是桓溫吧。”
秦國車騎大將軍王猛，因為掌管六州事務責任太重，對秦王苻堅說，請求改派親信賢能的人；而且州府里選拔官員的事，他也停了下來，另外請求到一個州去效力。苻堅回復說：“我和你，論道義是君臣，論感情超過骨肉，就算齊桓公、燕昭王有管仲、樂毅，劉備有諸葛亮，我覺得都比不上我們。君主找人才辛苦，得到人才后就輕松了。既然把六州托付給你，我就沒有東顧之憂了，這不是對你的優待，是我自己想輕松點。得到天下不容易，守住天下也難，如果任用的人不合適，禍患就會超出預料，這不只是我的憂慮，也是你的責任，所以我空著朝廷的高位，先讓你分管一方。你沒明白我的心意，太讓我失望了。新的政務等著人才去做，該趕緊選拔補充官員；等東方治理好了，你再穿著禮服回朝廷。”還派侍中梁讜到鄴城傳達旨意，王猛這才像以前一樣處理事務。
十二月，大司馬桓溫上奏：“被廢黜的人，該遠遠打發走，不能讓他們靠近百姓。東海王該照昌邑王的例子，在吳郡建宅第。”太后下詔說：“把他當平民，感情上不忍心，可以特別封他為王。”桓溫又上奏：“可以封海西縣侯。”庚寅日，封東海王為海西縣公。
桓溫威震朝廷內外，皇帝雖然身居高位，卻只是拱手沉默而已，常常怕被廢黜。之前，火星停在太微星座的端門，過了一個月海西公就被廢了。辛卯日，火星逆行進入太微星座，皇帝很討厭這現象。中書侍郎郗超當值，皇帝對他說：“壽命長短，我本來不在乎，只是不會再發生最近的事了吧？”郗超說：“大司馬桓溫，正在對內穩固國家，對外開拓疆土，像廢立這樣的非凡之事，我用全家百口人的性命擔保不會再發生。”后來郗超請假回家探望父親，皇帝說：“替我向你父親問好，國家的事到了這地步，是因為我不能用道義匡扶保衛，心里的愧疚嘆息，不是語能表達的！”接著吟誦庾闡的詩：“志士痛朝危，忠臣哀主辱。”眼淚沾濕了衣襟。皇帝風度儀表很好，舉止得體，喜歡典籍，書房里灰塵滿桌也不在意，很沉靜。雖然神情恬淡，但沒有治理國家的大謀略，謝安覺得他和晉惠帝差不多，只是清談比惠帝稍好點。
郗超因為是桓溫的親信，朝廷里的人都怕他，不敢得罪。謝安曾經和左衛將軍王坦之一起去見郗超，等了很久都沒被召見，王坦之想走，謝安說：“難道不能為了性命再忍一會兒嗎？”
秦國任命河州刺史李辯兼任興晉太守，回去鎮守枹罕。把涼州的治所遷到金城。張天錫聽說秦國有吞并自己的打算，非常害怕，在姑臧城南設立祭壇，殺了牛、羊、豬三牲，率領手下官員，隔著遠方和東晉的三公結盟。又派從事中郎韓博帶著奏表和盟約文書去東晉，還寫信給大司馬桓溫，約定明年夏天一起大規模出兵，在上邽會師。這一年，秦國益州刺史王統在度堅山攻打隴西鮮卑的乞伏司繁，乞伏司繁率領三萬騎兵在苑川抵抗王統。王統偷偷襲擊度堅山，乞伏司繁部落的五萬多人都投降了王統；乞伏司繁的兵眾聽說妻子兒女已經投降秦國，沒開戰就潰散了。乞伏司繁無處可去，也到王統那里投降。秦王苻堅任命乞伏司繁為南單于，把他留在長安；讓乞伏司繁的堂叔乞伏吐雷擔任勇士護軍，安撫他的部眾。
咸安二年（壬申年，公元372年）
春天二月，秦國任命清河人房曠為尚書左丞，征召房曠的哥哥房默以及清河人崔逞、燕國人韓胤為尚書郎，北平人陽陟、田勰、陽瑤為著作佐郎，郝略為清河相，這些人都是關東地區有名望的人士，是王猛推薦的。陽瑤是陽騖的兒子。
冠軍將軍慕容垂對秦王苻堅說：“我的叔父慕容評，是燕國像惡來（商紂王時的奸臣）一樣的人，不應該再讓他玷污圣明的朝廷，希望陛下為燕國除掉他。”苻堅于是把慕容評調出京城，擔任范陽太守，燕國的各位王都被安排到邊境郡城任職。
臣司馬光說：古代的人，消滅了別人的國家卻能讓那里的人高興，為什么呢？因為是為人們鏟除禍害。那個慕容評，蒙蔽君主、獨攬大權，嫉妒賢能、痛恨有功的人，愚昧昏庸、貪婪暴虐，導致國家滅亡，國家亡了他還不死，逃跑后被擒獲。秦王苻堅不把他當作首惡處死，反而加以寵愛任用，這是愛一個人而不愛一個國家的人，他失去的人心太多了。所以對人施恩而人們不感恩，對人盡誠而人們不真誠。最終功名不成，無處容身，是因為做事不合道義啊。
三月戊午日，朝廷派侍中王坦之征召大司馬桓溫入朝輔政，桓溫又推辭了。
秦王苻堅下詔：“關東的百姓中，通曉一部儒家經典、有一項技藝才能的，所在郡縣要按禮儀把他們送到京城。當官的俸祿在百石以上，卻不通曉一部經典、沒有一項技藝的，罷免官職，遣送回鄉當百姓。”
夏天四月，把海西公遷到吳縣西柴里，命令吳國內史刁彝防衛，又派御史顧允監督他。刁彝是刁協的兒子。
六月癸酉日，秦國任命王猛為丞相、中書監、尚書令、太子太傅、司隸校尉，特進、常侍、持節、將軍、侯的職位依舊保留；陽平公苻融擔任使持節、都督六州諸軍事、鎮東大將軍、冀州牧。
庾希、庾邈和前青州刺史武沈的兒子武遵，聚集兵眾在夜里進入京口城，晉陵太守卞眈fanqiang逃到曲阿。庾希謊稱接受了海西公的秘密旨意，要誅殺大司馬桓溫。建康城震動混亂，朝廷內外戒嚴。卞眈征調各縣的士兵二千人攻打庾希，庾希戰敗，關閉城門防守。桓溫派東海內史周少孫討伐他。秋天七月壬辰日，攻下京口城，擒獲庾希、庾邈和他們的親信黨羽，把他們都殺了。卞眈是卞壺的兒子。
甲寅日，皇帝生病，緊急征召大司馬桓溫入朝輔政，一天一夜發出四道詔書。桓溫推辭不來。當初，皇帝還是會稽王時，娶了王述的堂妹為妃，生下世子司馬道生和弟弟司馬俞生。司馬道生性情粗疏急躁，沒有德行，母子都被囚禁廢黜而死。其余三個兒子司馬郁、司馬朱生、司馬天流，都早早夭折。各位姬妾有將近十年沒懷孕，會稽王讓會看相的人看她們，都說：“不是能生兒子的人。”又讓看相的人去看各個婢女，有個叫李陵容的，在織坊里，皮膚黑、個子高，宮女們叫她“昆侖”，看相的人驚訝地說：“就是她！”會稽王召她侍寢，生下兒子司馬昌明和司馬道子。己未日，立司馬昌明為皇太子，當時他已經十歲了。任命司馬道子為瑯邪王，兼任會稽國，來供奉皇帝母親鄭太妃的祭祀。皇帝留下遺詔：“大司馬桓溫依照周公攝政的舊例。”又說：“小兒子如果可以輔佐就輔佐他，要是不行，您就自己取而代之。”侍中王坦之拿著詔書進來，在皇帝面前把詔書毀掉了。皇帝說：“天下，是偶然得來的運氣，你有什么可忌諱的！”王坦之說：“天下，是宣帝、元帝的天下，陛下怎么能獨自決定呢！”皇帝于是讓王坦之修改詔書說：“國家大事全聽大司馬的，就像諸葛亮武侯、王導丞相時的舊例。”當天，皇帝去世。
大臣們猶豫不決，不敢確立繼位的人，有人說：“應該等大司馬來處理。”尚書仆射王彪之嚴肅地說：“天子去世，太子繼位，大司馬怎么能有不同意見！如果先去當面請示，一定會被他指責的。”朝廷的議論才定下來。太子登上皇帝位，大赦天下。崇德太后下令，因為皇帝年幼，又在守喪期間，讓桓溫依照周公攝政的舊例。事情已經準備施行，王彪之說：“這是不尋常的大事，大司馬一定會堅決推辭，使朝廷政務停滯，耽誤先帝陵墓的修建，我不敢奉行命令，恭敬地把詔書封還。”事情于是沒施行。