按照羅萬化等人所設計的辦法，所有人到齊之后，先將尋訪出的靈童生辰分別用蒙、漢、藏文寫在特制的象牙簽片上，并用黃紙包好放入金瓶內蓋好，然后開始做掣簽之前的宗教儀式。由當地的高僧大德進行幾晝夜不停的宗教禱祝儀式后，儀式的主持者當眾用抽出一簽，以確定轉世靈童。整個過程都是為了體現宗教的權威性，同時也在客觀上杜絕了徇私舞弊的可能，保證了抽簽的公正性。

而掣簽的結果由在場的所有人簽字具名確認之后，上奏朝廷，經由理藩院審核之后，上奏朱載j，由皇帝御批之后才能夠正式成為被朝廷認可了的轉世靈童，只有在皇帝御批同意了之后，在朝廷批準之后才可以按照佛教儀式，正式給轉世靈童舉行受戒儀式。

而從轉世靈童到活佛，還需要一個重要的宗教儀式，就是坐床，只有經過坐床之后，轉世靈童才能夠變成真正意義上的活佛，對于對于活佛的教育，朝廷也要插手，不僅僅要接受宗教教育，還要求到京師來朝見天子，接受教育，大明派駐相應地方的官員也要負責對于活佛的教育，使得他們能夠忠君愛國，坐床儀式也要在理藩院和當地最高軍政長官的見證之下進行，從而成為真正的活佛。

朱載j命令理藩院制定相關的條例，同時要確定那些活佛是要有金瓶掣簽來決定的，同時在特殊情況下，可以免予通過金瓶掣簽來決定，免于掣簽一般必須得到地方最高軍政長官與地方宗教首領、土司頭人的一致同意，上報理藩院，轉報皇帝最后決定，是否舉行掣簽儀式。

同時也要加強對于這些活佛們的管理，根據其影響力大小，分別由朝廷或者f帝直接賜予國師、禪師等各種享有不同特權的封號，并賜予印信。對于職掌一方政教大權、在政治上有極大影響力的宗教首領，如統領烏斯藏和蒙古各部的四大活佛，則加封國師稱號，授予金冊金印。而其他的活佛，也要分門別類予以管理，保證宗教秩序和朝廷對于宗教的管理。

對于這些僧人，也要予以安撫，最重要的安撫措施就是賞撫，實行按職定祿的措施，與朝廷官吏領取俸祿一樣,活佛職銜越高，俸祿越多,當然這樣的話，俸祿大部分都集中在上層喇嘛手里,因為他們既是宗教領袖,又是行政長官,而且是大地主，是朝廷的重點安撫對象。

而敕建寺廟的定額喇嘛的錢糧從內帑中領取,地方寺院中,凡獲得朝廷官方認可等級在冊的喇嘛,每月可從地方政府領得錢糧,如果遇到講經,法會等大型宗教活動,朝廷額外賞給銀兩，作為對于活佛和宗教的支持。_c